Ип шеремет: ИП Шеремет Степан Сергеевич, ИНН 270326291250, ОГРН 313272415000015 | Реквизиты, адрес, контакты, финансы, телефон и другие данные

Содержание

ИП Шеремет Ирина Николаевна ИНН 231150296850 в г Краснодар – выписка из ЕГРЮЛ и проверка ОГРН 309231116900085, отзывы и контакты на Выписка-Налог

ИП Шеремет Ирина Николаевна ИНН 231150296850 в г Краснодар – выписка из ЕГРЮЛ и проверка ОГРН 309231116900085, отзывы и контакты на Выписка-Налог

Главная > Индивидуальные предприниматели > Краснодарский край > г Краснодар > 74.14 > ИП Шеремет Ирина Николаевна ИНН 231150296850

ИНН: 231150296850, Адрес: 350000, Краснодарский край, г Краснодар

org/PostalAddress”>

Сводка Надежность Выручка Проверки Контакты Генеральный директор Суды Отзывы Реквизиты

Сводка

Организация Индивидуальный предприниматель Шеремет Ирина Николаевна из г Краснодар по которой в сервисе Выписка Налог можно получить выписку с эцп или проверить организацию на надежность и платежеспособность, имеет реквизиты для проверки в нашей базе фирм ИНН 231150296850, ОГРН 309231116900085 и официальный офис компании находится по адресу 350000, Краснодарский край, г Краснодар. Так же можно узнать данные о регистрации в налоговой инспекции и дату создания компании, сведения о постановке в ПФР и ФСС, прибыль организации и бухгалтерский баланс ИП Шеремет Ирина Николаевна по данным Росстата, аффилированные лица ИП, ФИО директора и учредителей и их участия в управлении сторонними компаниями, реквизиты фирмы, фактический адрес местонахождения учредителя, основной вид деятельности и дополнительные коды ОКВЭД.

С данными для проверки организации по ИНН и информации о ИП Шеремет Ирина Николаевна можно ознакомиться ниже или сразу заказать платную выписку в форме документа pdf с электронной подписью на вашу почту.

Данные юридического лица      ИНН 231150296850 ОГРН 309231116900085


Общие сведения
Наименование компании ИП Шеремет Ирина Николаевна
Адрес одной строкой (может отличаться от записанного в ЕГРЮЛ) 350000, Краснодарский край, г Краснодар
Адрес одной строкой как в ЕГРЮЛ КРАЙ КРАСНОДАРСКИЙ, ГОРОД КРАСНОДАР
Тип организации Индивидуальный предприниматель
Гражданство ИП Республика Беларусь
ИНН Что это? 231150296850
ОГРН Что это? 309231116900085
Код ОКВЭД Что это? 74. 14
Версия справочника ОКВЭД 2001
Наименование
Полное наименование с ОПФ Индивидуальный предприниматель Шеремет Ирина Николаевна
Краткое наименование с ОПФ ИП Шеремет Ирина Николаевна
Полное наименование Шеремет Ирина Николаевна
Организационно-правовая форма
Код ОКОПФ Что это? 50102
Полное название ОПФ Индивидуальный предприниматель
Краткое название ОПФ ИП
Версия справочника ОКОПФ 2014
Состояние
Дата актуальности сведений 2020-03-10
Дата регистрации 2009-06-18
Дата ликвидации 2010-01-15
Статус организации
Ликвидирована
Коды ОКВЭД
74. 14 (осн) Консультирование по вопросам коммерческой деятельности и управления
80.42 (доп) Образование для взрослых и прочие виды образования, не включенные в другие группировки
ИФНС регистрации
Код отделения 2375
Наименование отделения Межрайонная инспекция Федеральной налоговой службы № 16 по Краснодарскому краю
Адрес отделения ,350020,,, Краснодар г,, Коммунаров ул, д 235,,

ИП Шеремет Ирина Николаевна на Карте России



Получить полный отчет
по компании
ИП Шеремет Ирина Николаевна

Получено %
  • Численность сотрудников
  • Руководители
  • Бух отчетность
  • Возраст на рынке
  • Положение на рынке
  • Финансовое положение
  • Связанные компании
  • Участие в торгах
  • Штрафы


Подать заявление о зачёте средств в счёт будущих платежей теперь можно.

..

В личных кабинетах для индивидуальных предпринимателей и юридических лиц теперь…

2023-03-20 11:40:40

В России продолжается Декларационная кампания 2023 года

Представить декларацию о доходах, полученных в 2022 году, необходимо не позднее 2 мая 2023 года. Под…

2023-03-13 14:34:15

ФНС России предупреждает о мошеннических рассылках в интернете

Неизвестные от имени ФНС России рассылают электронные письма, в которых говорится, что для пользоват…

2023-03-30 09:42:37

Смотреть все новости

Источники информации для сбора данных

Образец полного отчета по компании

Скачать/открыть отчет
Банковские операции

Информация об оборотных суммах, количеству и дате прихода-ухода денежных средств. Оценка рискованности.

Бухгалтерская отчетность

Сведения о лицензиях, виды деятельности. Сводные планы проверок Генпрокуратуры.

Наличие гос.контрактов

Номера контрактов, суммы и сроки исполнения. Информация об участии в гос.закупках, реестр опубликованых заказов

Информация об учредителях

Адреса, телефоны, наименования держателей реестра акционеров. Информация об учрежденных организациях и руководстве.

Вносимые изменения в реестре

Список арбитражных управляющих и арбиртажная практика

Наличие задолженностей

Информация о задолженностях по заработной плате, задолженностях по платежам в бюджет, черный список работодателей

ИП Шеремет Ирина Николаевна
231150296850, 350000, Краснодарский край, г Краснодар

+ Выписка из ЕГРЮЛ/ЕГРИП c ЭЦП


Email

Телефон

Я прочитал и согласен с пользовательским соглашением

Оплата при помощи удобного сервиса

Похожие на ИП Шеремет Ирина Николаевна компании

ИП Евдокименко Ольга Александровна
231150296787

ИП Громыко Галина Викторовна
231295536665

ИП Клюйко Зоя Владимировна
231121748460

ООО “ВЕДА СВИНТЕХ”
2312123805

ИП Иващенко Ирина Генриховна
231101037902

ИП Федорова Ирина Андреевна
231206337269

ИП Кретова Лариса Викторовна
231202802130

ИП Балтушная Людмила Анатольевна
231213643468

ИП Лукашова Татьяна Афанасьевна
231118796506

Другие индивидуальные предприниматели в г Краснодар

ИП Чумакова Наталья Анатольевна
231121377706

ИП Токмань Кристина Евгеньевна
231150304580

ИП Евдокименко Ольга Александровна

231150296787

ИП Молодцова Юлия Витальевна
231106414784

ИП Левашов Александр Сергеевич
860408616646

ИП Резниченко Ирина Александровна
230300677623

Краснодарский край популярные ИП с выпиской ЕГРЮЛ

ИП Чумакова Наталья Анатольевна
231121377706

ИП Каповский Александр Владимирович
234400091082

ИП Токмань Кристина Евгеньевна
231150304580

ИП Евдокименко Ольга Александровна
231150296787

ИП Молодцова Юлия Витальевна
231106414784

ИП Гусев Андрей Васильевич
031400766224




Все данные о интересующей вас компании вы можете получить в полном отчете ФНС у нас на странице


Внедрение ПП “1С:Бухгалтерия 8 ПРОФ” у ИП “Шеремет Елены Николаевны”

Продукт: 1С:Бухгалтерия 8

Все проекты по этому продукту

Партнер: ВЛ-Консалтинг

Отправить запрос партнеру     Все проекты этого партнера

Отзыв клиента

ИП “Шеремет Елена Николаевна”
Приморский край, Хасанский р-н, пгт Посьет, Ноябрь 2016

Вариант работы: Файловый
Общее число автоматизированных рабочих мест: 1

Количество одновременно работающих клиентов


Толстый клиент: 1

Автоматизированы следующие функции:

  • Банк и касса
  • Налоговый учет
  • Основные средства
  • Расчет зарплаты и кадровый учет
  • Расчеты с контрагентами
  • Регламентированная отчетность
  • Торговые операции

Сопровождение:

  • Используется интернет-версия ИТС и интернет-сервисы ИТС
  • Осуществляется консультирование по методическим вопросам работы с программой “1С”
  • Оформлено льготное сопровождение 1С:ИТС
  • Произведена настройка и проверка доступа к интернет-версии ИТС и интернет-сервисам “Задать вопрос на линию консультаций 1С”, “Задать вопрос аудитору”
  • Произведена настройка и проверка доступа к сайту поддержки пользователей users. v8.1c.ru
  • Производится обновление платформы и типовых конфигураций “1С:Предприятие”, диагностика состояния информационной базы, создание архивных копий

Выполнены следующие работы:

  • Доставка программных продуктов в офис заказчика
  • Консультации по выбору программного обеспечения и вариантов его сопровождения
  • Продажа выбранных программных продуктов
  • Установка программного обеспечения на компьютеры заказчика

Отзыв клиента

Для своевременного формирования регламентированной отчетности и автоматизации хозяйственной деятельности, наше предприятие решило приобрести программу «1С: Бухгалтерия 8. ПРОФ». Данная программа позволяет автоматизировать бухгалтерский и налоговый учет, снизить время необходимое для обработки первичной документации, а также осуществлять контроль, планирование и получать аналитическую отчетность в требуемых разрезах.
За внедрением мы обратились в компанию ООО «ВЛ-Консалтинг», обладающую высококвалифицированными специалистами и большим опытом в реализации проектов.
Специалистами ООО «ВЛ-Консалтинг» выполнены следующие работы:
• Консультации по выбору программного обеспечения и вариантов его сопровождения;
• Продажа выбранных программных продуктов;
• Доставка программных продуктов в офис заказчика;
• Установка программного обеспечения на компьютеры заказчика;
В результате внедрения, наше предприятие получило инструмент, позволяющий вести бухгалтерский и налоговой учет и получать достоверную финансовую отчетность о состоянии компании.
Выражаем благодарность программистам и консультантам ООО «ВЛ-Консалтинг» за качественное выполнение их работы.

SkatingScores | BLR – Юлия ШЕРЕМЕТ

SkatingScores | BLR – Julia Sheremet

Skatingscores

Инструменты

Мужчины

Женщины

Dance

Login

+5 ERA IS IS LERAL BEST
+5 ERA IS IS LERAL BEST
+5 ERA IS IS IS SERAL BEST
(
+55.
SP FS Итого



+3 Era ISU Personal Best
(Before 2018/19)
SP FS Total
2007 WJC
39.33
2007 JGPBUL
62.18
2007 WJC
98.00


Championships
05–06 06–07 07–08 08–09
Worlds 36
Jr Worlds 35J 21J
Europeans 29 27 37
Junior Grand Prix
05–06 06–07 07–08 08–09
JGP BUL 11J
JGP CZE 25J
JGP EST 23J


Bold: ISU Season’s Best Progression .
Толстая черная рамка: личный рекорд ISU эпохи.

2008/09
Событие Местоположение SP FS Total
Europeans 🇫🇮 Helsinki SB 37
26.56
37
FNR
2007/08
Event Location SP FS Total
Worlds 🇸🇪 Göteburg 36
34.69
36
FNR
Europeans 🇭🇷 Zagreb SB 26
37.89
27
FNR
JGP BUL 🇧🇬 Sofia SB 11J
35.01
PB 11J
62.18
SB 11J
97.19
2006/07
Event Location SP FS Total
Jr Worlds 🇩🇪 Oberstdorf PB 22J
39. 33
PB 22J
58.67
PB 21J
98.00
Europeans 🇵🇱 Warsaw SB 29
33.98
29
FNR
JGP CZE 🇨🇿 Liberec SB 20J
33.02
SB 27J
41.17
SB 25J
74.19
2005/06
Event Location QR SP FS Total
Jr Worlds 🇸🇮 Ljubljana 18J
52.80
35
DNQ J
JGP EST 🇪🇪 Tallinn PB 14J
34.69
PB 28J
45.43
PB 23J
80.12

Личный рекорд ИСУ
(ЛБ ИСУ можно заработать только на крупных международных соревнованиях:
OWG, WC, WJC, EC, 4CC, GPS, W2TTS, Challengers0 9000
ISU PB – Event Total
Event SP
TSS
FS
TSS
Event
Total
🇩🇪 2007 WJC PB 39. 33 PB 58.67 PB 98.00
🇪🇪 2005 JGPEST PB 34.69 PB 45.43 PB 80.12
ISU PB – Free Skate TSS
Event FS TSS
🇧🇬 2007 JGPBUL PB 62.18
🇩🇪 2007 WJC PB 58.67
🇪🇪 2005 JGPEST PB 45.43
ISU PB – Free Skate TES
Event FS TES
🇧🇬 2007 JGPBUL PB 29.63
🇩🇪 2007 WJC PB 28.79
🇨🇿 2006 JGPCZE PB 18.04
🇪🇪 2005 JGPEST PB 17.42
ISU PB – Free Skate PCS
Event FS PCS
🇧🇬 2007 JGPBUL PB 33. 55
🇪🇪 2005 JGPEST PB 31.01
ISU PB – Free Skate BV
Event FS BV
🇧🇬 2007 JGPBUL PB 33.55
🇩🇪 2007 WJC PB 31.29
🇪🇪 2005 JGPEST PB 20.70
ISU PB – Free Skate GOE Total
Event FS GOE Total
🇨🇿 2006 JGPCZE PB -2.43
🇪🇪 2005 JGPEST PB -3.28
ISU PB – Short Program TSS
Event SP TSS
🇩🇪 2007 WJC PB 39.33
🇪🇪 2005 JGPEST PB 34.69
ISU PB – Short Program TES
Event SP TES
🇩🇪 2007 WJC PB 23. 31
🇪🇪 2005 JGPEST PB 18.83
ISU PB – Short Program PCS
Event SP PCS
🇭🇷 2008 EC PB 16.12
🇩🇪 2007 WJC PB 16.02
🇪🇪 2005 JGPEST PB 15.86
ISU PB – Short Program BV
Event SP BV
🇩🇪 2007 WJC PB 22.00
🇪🇪 2005 JGPEST PB 20.30
ISU PB – Short Program GOE Total
Event SP GOE Total
🇩🇪 2007 WJC PB 1.31
🇨🇿 2006 JGPCZE PB -1.35
🇪🇪 2005 JGPEST PB -1. 47

Top Elements

Jumps
Element B Scaled
GOE Score
Total
Score
Event
3S+2T
3S+2T -0.25 5.55 2007 JGPBUL FS
3S < +2T < -0.77 1.83 2008 WC SP
3S < +2T < -0.89 1.71 2007 EC SP
3S < +2T+SEQ < -0.89 1.19 2007 WJC FS
3S
3S < < -0.77 0.53 2008 EC SP
3S < < -1. 00 0.30 2006 JGPCZE FS
3T+2T
3T+2T 0.00 5.30 2008 EC SP
3T+2T 0.00 5.30 2007 WJC SP
3T+2T -0.13 5.17 2007 JGPBUL SP
3T+2T -0.38 4.92 2005 JGPEST SP
3T+2T -1.00 4.30 2006 JGPCZE SP
3T+2T < < -1.57 2.83 2007 WJC FS
3T+2T+2Lo
3T+ 2T < +2Lo+SEQ < -1.25 3.15 2007 JGPBUL FS
3T
3T 0. 00 4.00 2007 WJC FS
3T x -0.60 3.80 2006 WJC QB
3T -0.86 3.14 2007 EC SP
3T -1.43 2.57 2008 WC SP
3T -3.00 1.00 2007 JGPBUL FS
3T < < -1.00 0.30 2006 JGPCZE FS
2A
2A 1.00 4.50 2008 EC SP
2A 0.71 4.21 2008 WC SP
2A 0.63 4.13 2007 JGPBUL FS
2A 0. 57 3.87 2007 WJC SP
2A 0.20 3.70 2007 JGPBUL SP
2A x 0.00 3.60 2006 WJC QB
2A 0.14 3.44 2007 WJC FS
2A 0.00 3.30 2007 EC SP
2A 0.00 3.30 2006 JGPCZE SP
2A -0.61 2.69 2005 JGPEST SP
2Lz+2Lo
2Lz+2Lo x -0.09 3.65 2007 WJC FS
2Lz
2Lz x 0. 00 2.10 2006 WJC QB
2Lz -0.04 1.86 2005 JGPEST FS
2Lz -0.11 1.79 2005 JGPEST SP
2Lz+1T
2Lz e +1T e -1.00 1.30 2009 EC SP
2F+2T
2F+2T+SEQ -0.75 1.65 2005 JGPEST FS
2F
2F x 0.00 1.87 2007 JGPBUL FS
2F x 0.00 1.87 2007 WJC FS
2F -0.04 1.66 2007 WJC SP
2F -0. 04 1.66 2006 JGPCZE SP
2F x -0.30 1.57 2006 JGPCZE FS
2F -1.00 0.70 2006 WJC QB
2Lo
2Lo x 0.00 1.70 2005 JGPEST FS
2Lo x 0.00 1.65 2007 JGPBUL FS
2Lo 0.00 1.50 2007 WJC FS
2S
2S x -0.08 1.35 2006 JGPCZE FS
2S x -0.11 1.32 2007 JGPBUL FS
2S 0. 00 1.30 2006 WJC QB
2S -1.00 0.30 2005 JGPEST FS
2T+2T
2T+2T 0.00 2.60 2006 WJC QB
2T+2T+SEQ x 0.00 2.29 2006 JGPCZE FS
2T
2T x 0.00 1.40 2005 JGPEST FS
2T -1.00 0.30 2009 EC SP
2T -1.00 0.30 2005 JGPEST FS
1A+2T
1A+2T 0.00 2.10 2006 JGPCZE FS
1A
1A x 0. 00 0.90 2005 JGPEST FS
1A x 0.00 0.88 2006 JGPCZE FS
1A -0.50 0.30 2009 EC SP
Spins
Element B Scaled
GOE Score
Total
Score
Event
CCoSp
CCoSp 2 0.14 2.64 2007 WJC SP
CCoSp 2 0.06 2.56 2007 JGPBUL SP
CCoSp 2 0,06 2,56 2007 JGPBUL FS
CCOSP 2 0,06 2,5677777777777777777777777777777777777777 77777777777777777777777777777777777777777777..0039
CCoSp 2 0.00 2.50 2006 WJC QB
CCoSp 1 0.40 2.40 2009 EC SP
CCoSp 2 -0.11 2.39 2006 JGPCZE SP
CCoSp 2 -0.23 2.27 2005 JGPEST SP
CCoSp 1 0.21 2.21 2008 EC SP
CCoSp 1 0.21 2.21 2007 EC SP
CCOSP 1 0,10 2,10 2007 WJC FS.0228 0.00 2.00 2008 WC SP
CCoSp 1 0. 00 2.00 2005 JGPEST FS
FCSp
FCSp 2 0.14 2.14 2007 WJC SP
FCSp 1 0.10 2.00 2009 EC SP
FCSp 2 0.00 2.00 2007 JGPBUL FS
FCSp 2 -0.04 1.96 2008 WC SP
FCSp 2 -0.04 1.96 2008 EC SP
FCSp 1 0.00 1.70 2007 EC SP
FCSp 1 0.00 1.70 2006 JGPCZE SP
FCSp 1 0. 00 1.70 2006 JGPCZE FS
FCSp 1 -0.08 1.62 2005 JGPEST FS
FCSp 1 -0.09 1.61 2007 WJC FS
FCSp 1 -0.36 1.34 2006 WJC QB
FSSp
FSSp 1 -0.04 1.66 2007 JGPBUL SP
FSSp 2 -0.45 1.55 2005 JGPEST SP
LSp
LSp 2 0.00 1.80 2007 JGPBUL SP
LSp 1 0.00 1.50 2009 EC SP
LSp 1 0. 00 1.50 2008 EC SP
LSp 1 0.00 1.50 2007 JGPBUL FS
LSp 1 0.00 1.50 2007 WJC SP
LSp 1 0.00 1.50 2007 WJC FS
LSp 1 0.00 1.50 2007 EC SP
LSp 1 0.00 1.50 2006 JGPCZE FS
LSp 1 -0.04 1.46 2006 JGPCZE SP
LSp 2 -0.06 1.44 2006 WJC QB
LSp 1 -0. 13 1.37 2008 WC SP
LSp 1 0.00 1.20 2005 JGPEST SP
LSp 1 -0.30 0.90 2005 JGPEST FS
Пошаговые последовательности
Элемент B MASTER
GOE SCAPE
.0029 Event
CiSt
CiSt 2 0.07 2.37 2007 WJC SP
CiSt 1 0.00 1.80 2008 WC SP
CIST 1 0,00 1,80 2008 EC SP
25 9025 9025 9025 9025 9025 9025 9025
25.25925920039 0. 00 1.80 2007 JGPBUL SP
CiSt 1 0.00 1.80 2007 EC SP
CiSt 1 0,00 1,80 2005 JGPEST SP
CIST 1 -0.11 1,69777779999999997777.11 1,6977777777999999999999999777777777799999999999799777.0039
CiSt 1 -0.19 1.61 2006 JGPCZE SP
SlSt
SlSt 1 0.00 1.80 2009 EC SP
SlSt 1 0.00 1.80 2007 JGPBUL FS
SlSt 1 0. 00 1.80 2007 WJC FS
SlSt 1 0.00 1.80 2006 JGPCZE FS
SlSt 1 0.00 1,80 2006 WJC QB
Спиральные последовательности
Элемент B.0026 Total
Score
Event
SpSq
SpSq 4 0.57 3.97 2008 EC SP
SpSq 4 0.43 3.83 2007 WJC SP
SpSq 4 -0.10 3.30 2007 WJC FS
SpSq 3 0.00 3. 10 2008 WC SP
SpSq 3 0.00 3.10 2007 JGPBUL FS
SpSq 3 0.00 3.10 2007 EC SP
SpSq 3 -0.03 3.07 2007 JGPBUL SP
SpSq 2 0.50 2.80 2009 EC SP
SpSq 2 0.03 2.33 2006 JGPCZE SP
SpSq 1 -0.11 1.69 2006 JGPCZE FS
SpSt
SpSt 3 0.00 3.10 2006 WJC QB
SpSt 3 0. 00 3.10 2005 JGPEST FS
SpSt 2 0,31 2,61 2005 JGPEST SP

О нас • Конфиденциальность • Инструменты • База данных • Блог0003

Видите проблему с оценками на этой странице?
Помогите нам исправить ошибку, сообщив об этом.

––––––––––
v100

Выделение доминирующих микробных популяций горячих источников на основе выборки в масштабах всего сообщества с одноклеточным геномным разрешением

. 2022 май; 16(5):1337-1347.

doi: 10.1038/s41396-021-01178-4. Epub 2021 30 декабря.

Роберт М Бауэрс 1 , Стивен Найфах 2 , Фредерик Шульц 2 , Шон П. Юнгблат 3 , Илона А Рул 4 5 , Андрей Шеремет 4 , Джейни Ли 2 , Даниэль Гудо 2 , Эмили А. Элоэ-Фадрош 2

, Рамунас Степанаускас 6 , Рекс Р Мальмстрем 2 , Никос С Кирпидес 2 , Питер Ф. Данфилд 4 , Таня Войк 7

Принадлежности

  • 1 Министерство энергетики США, Объединенный институт генома, Беркли, Калифорния, США. [email protected].
  • 2 Министерство энергетики США, Объединенный институт генома, Беркли, Калифорния, США.
  • 3 Отдел экологической геномики и системной биологии, Национальная лаборатория Лоуренса в Беркли, Беркли, Калифорния, США.
  • 4 Факультет биологических наук, Университет Калгари, 2500 University Dr. NW, Калгари, AB, T2N 1N4, Канада.
  • 5 Национальный центр биоэнергетики, Национальная лаборатория возобновляемых источников энергии, Голден, Колорадо, США.
  • 6 Лаборатория наук об океане Бигелоу, 60 Bigelow Drive, East Boothbay, ME, USA.
  • 7 Министерство энергетики США, Объединенный институт генома, Беркли, Калифорния, США. [email protected].
  • PMID: 34969995
  • PMCID: PMC
60
  • DOI: 10. 1038/с41396-021-01178-4
  • Бесплатная статья ЧВК

    Роберт М. Бауэрс и соавт. ИСМЕ Дж. 2022 май.

    Бесплатная статья ЧВК

    . 2022 май; 16(5):1337-1347.

    doi: 10.1038/s41396-021-01178-4. Epub 2021 30 декабря.

    Авторы

    Роберт М Бауэрс 1 , Стивен Найфах 2 , Фредерик Шульц 2 , Шон П. Юнгблат 3 , Илона А Рул 4 5 , Андрей Шеремет 4 , Джейни Ли 2 , Даниэль Гудо 2 , Эмили А. Элоэ-Фадрош 2 , Рамунас Степанаускас 6 , Рекс Р Мальмстрем 2 , Никос С Кирпидес 2 , Питер Ф. Данфилд 4 , Таня Войк 7

    Принадлежности

    • 1 Министерство энергетики США, Объединенный институт генома, Беркли, Калифорния, США. [email protected].
    • 2 Министерство энергетики США, Объединенный институт генома, Беркли, Калифорния, США.
    • 3 Отдел экологической геномики и системной биологии, Национальная лаборатория Лоуренса в Беркли, Беркли, Калифорния, США.
    • 4 Факультет биологических наук, Университет Калгари, 2500 University Dr. NW, Калгари, AB, T2N 1N4, Канада.
    • 5 Национальный центр биоэнергетики, Национальная лаборатория возобновляемых источников энергии, Голден, Колорадо, США.
    • 6 Лаборатория наук об океане Бигелоу, 60 Bigelow Drive, East Boothbay, ME, USA.
    • 7 Министерство энергетики США, Объединенный институт генома, Беркли, Калифорния, США. [email protected].
    • PMID: 34969995
    • PMCID: PMC
    60
  • DOI: 10.1038/с41396-021-01178-4
  • Абстрактный

    Благодаря достижениям в секвенировании ДНК и миниатюризации рабочих процессов молекулярной биологии быстрое и доступное секвенирование геномов одиночных клеток стало реальностью. По сравнению с исследованиями генов 16S рРНК и метагеномикой дробовика, крупномасштабное применение геномики отдельных клеток к целым микробным сообществам дает интегрированный снимок состава и функций сообщества, напрямую связывает мобильные элементы с их хозяевами и позволяет анализировать гетерогенность популяции доминантных микробов. члены сообщества. С этой целью мы секвенировали почти 500 одноклеточных геномов из образца отложений горячих источников с низким разнообразием из Дьюар-Крик, Британская Колумбия, и сравнили этот подход с ампликоном гена 16S рРНК и метагеномикой дробовика, примененными к тому же образцу. Мы обнаружили, что широкие таксономические профили были сходными для трех подходов к секвенированию, хотя несколько линий отсутствовали в наборе данных ампликонов генов 16S рРНК, вероятно, в результате несоответствия праймеров. На функциональном уровне мы обнаружили большой набор мобильных генетических элементов, присутствующих в геномах одиночных клеток, но отсутствующих в соответствующих геномах, собранных метагеномами того же вида. Кроме того, мы выполнили геномный анализ популяции одной клетки трех наиболее распространенных членов сообщества, выявив различия в структуре популяции на основе профилей мутаций и рекомбинаций. В то время как средние попарные идентичности нуклеотидов были одинаковыми в доминирующих линиях на уровне видов, мы наблюдали различия в степени рекомбинации между этими доминирующими популяциями. Самое интересное, что Hydrogenobacter sp. популяция оказалась настолько рекомбиногенной, что больше походила на половой вид, чем на клонально развивающийся микроб. Вместе эта работа демонстрирует, что рандомизированный одноклеточный подход может быть полезен для изучения ранее некультивируемых микробов от состава сообщества до структуры популяции.

    © 2021. Автор(ы).

    Заявление о конфликте интересов

    Авторы заявляют об отсутствии конкурирующих интересов.

    Цифры

    Рис. 1. Создание парных наборов данных последовательностей…

    Рис. 1. Создание парных наборов данных последовательностей и состав сообщества.

    A Рабочий процесс для генерации…

    Рис. 1. Создание парных наборов данных последовательностей и состав сообщества.

    A Рабочий процесс для создания одиночных амплифицированных геномов (SAG), геномов, собранных на основе метагенома (MAG), и ампликонов генов 16S рРНК. В рабочем процессе сортировки отдельных клеток значение точки пересечения (cp) косвенно пропорционально количеству амплифицированной ДНК в результате амплификации MDA. Статистической разницы между положительными и отрицательными значениями cp ПЦР гена 16S рРНК не наблюдалось ( p  > 0,05), что позволяет предположить, что ПЦР гена 16S рРНК не является надежным индикатором общего количества ДНК, амплифицированной во время амплификации всего генома. MAG были созданы из массивного метагенома на основе TNF и профилей покрытия метагенома осадка, а ампликоны гена 16S рРНК были обработаны с использованием стандартного подхода, который включал идентификацию вариантов последовательностей ампликонов (ASV) и классификацию полученных ASV по базе данных Silva. . B Состав сообщества этой отдельной пробы отложений с использованием трех подходов. В частности, обратите внимание на отсутствие Kryptonia и Armatimonadetes в данных ампликонов, что, вероятно, является результатом несоответствия праймеров.

    Рис. 2. Филогенетический состав и функциональный потенциал…

    Рис. 2. Филогенетический состав и функциональный потенциал доминирующих САГ и МАГ Дьюар-Крик.

    Рис. 2. Филогенетический состав и функциональный потенциал доминирующих САГ и МАГ Дьюар-Крик.

    A Конкатенированное дерево генов из 56 маркеров, включающее бактерии и археи (укорененные в археях). Геномы Дьюар-Крик обозначены цветными символами (кружками и ромбами). Звездочка рядом с родословной указывает на новизну (что определяется наличием менее 65 % идентичности гена rpoB с любой последовательностью в справочной базе данных), а ромб обозначает родословные, для которых более 80 % геномов в пределах этой линии не соответствует нашим критериям соответствия праймеров гена 16S рРНК. Б Функциональный профиль 10 основных SAG и MAG Дьюар-Крик по линиям (<10 для многих), классифицированных на уровне типов. Функциональные профили каждого набора специфичных для линии SAG и MAG согласуются, а тип Aquificae с наиболее разнообразным функциональным потенциалом выделен желтым цветом. Имена генов отображаются в виде меток по осям размером 90 196 x 90 198 и сгруппированы по функциональным категориям.

    Рис. 3. Коллекция внутривидовых наборов…

    Рис. 3. Коллекция внутривидовых наборов SAG показала, что MAG не хватает пропорции…

    Рис. 3. Коллекция внутривидовых наборов SAG показала, что в MAG отсутствует доля дополнительного компонента геномов популяции Дьюар-Крик.

    A Кривые разрежения SAG доминирующих линий: Hydrogenobacter sp ., Kryptonium sp. . и Thermus antranikianii (синие линии) показаны вместе с общим количеством уникальных семейств генов в каждом соответствующем MAG (красный ромб). Разница между двумя серыми пунктирными линиями указывает на количество уникальных семейств генов, пропущенных MAG. B Аллювиальные графики, показывающие семейства генов, уникальные для SAG и MAG, и соответствующие им функциональные аннотации COG (уровень 3) из всех линий Dewar Creek с парными SAG и популяционными MAG. Аллювиальные потоки с более темной окраской (только подмножество SAG) представляют собой гены, происходящие от контигов, идентифицированных как MGE. C Охват генов MGE в основном метагеноме предполагает различия в охвате вирусами по сравнению с геномом хозяина. Графики покрытия основаны на сопоставлении чтений массивных чтений метагенома с каждым из геномов SAG. Примечание: синглтоны из наборов данных уникальных семейств генов были удалены из наборов данных SAG, чтобы уменьшить эффект потенциального загрязнения, т. е. ген должен был наблюдаться как минимум в двух SAG.

    Рис. 4. Численность, разнообразие МГЭ и последующие…

    Рис. 4. Обилие МГЭ, разнообразие и последующее разнообразие спейсеров в SAG Дьюар-Крик.

    А Наличие/отсутствие…

    Рис. 4. Обилие MGE, разнообразие и последующее разнообразие спейсеров в SAG Dewar Creek.

    A Наличие/отсутствие каждого типа МГЭ (фага, профага или плазмиды) на SAG, где общее количество проанализированных SAG отмечено фоном, серой полосой. Геномы, считающиеся положительными для MGE, должны иметь по крайней мере 1 контиг MGE размером более 10  т.п.н. B Разнообразие MGE. Тетрануклеотидная частота каждого контига MGE (за исключением профага, поскольку нельзя исключать геном хозяина) (вверху). Количество MGE на 99% группу ANI (внизу) C Кривые разрежения, указывающие на разнообразие спейсеров в каждой линии. D Спейсер соответствует попаданию в другой SAG в той же родословной, за исключением селф-хитов (слева) и селф-хитов (внутри генома) (справа).

    Рис. 5. Доминирующие популяции Дьюар-Крик, принадлежащие…

    Рис. 5. Доминирующие популяции Дьюар-Крик, принадлежащие к типам Aquificae, Kryptonia и Deinococcus-Thermus.

    А…

    Рис. 5. Доминирующие популяции Дьюар-Крик, принадлежащие к типам Aquificae, Kryptonia и Deinococcus-Thermus.

    A Консервативные маркерные деревья для конкретных линий (те же 56 маркеров, которые использовались в приведенном выше дереве бактерий/архей), где для каждого типа использовались все доступные маркерные последовательности; последовательности были депреплицированы на основе кластеризации РНК-полимеразы в 100, 100 и 90% сходства для последовательностей Aquificae, Kryptonia и Deinococcus-Thermus соответственно. Для устранения избыточности и создания репрезентативного набора последовательностей маркеров для каждого типа была выполнена дерепликация. Геномы Дьюара-Крик также были лишены репликации, но при 100% идентичности РНК-полимеразы, где более крупные кружки указывают на увеличение числа геномов для данного кластера генов РНК-полимеразы. B Деревья SNP, в которых положения вариантов были идентифицированы на основе выравнивания всего генома. Цвета наконечников соответствуют результатам байесовской кластеризации hierBAP. Для сравнения древовидных топологий с кластеризацией hierBAP был проведен анализ permanova с выявлением несоответствий в пределах Hydrogenobacter sp. ( p  < 0,05), но не Kryptonia sp . или Thermus antranikianii видов ( p  > 0,05). C Кривые неравновесия по сцеплению SNP (LD), демонстрирующие доказательства более поздней рекомбинации внутри Hydrogenobacter sp . Красная пунктирная линия представляет собой расстояние, на котором кривая LD пересекает пороговое значение R 2 , равное 0,5, т. е. расстояние в парах оснований, при котором 50% пар SNP больше не коррелируют. Меньшее расстояние в R 2 0,5 указывает на более высокую скорость рекомбинации.

    См. это изображение и информацию об авторских правах в PMC

    Похожие статьи

    • Тезисы презентаций на собрании Ассоциации ученых-клиницистов 143 rd Луисвилл, Кентукки, 11–14 мая 2022 г.

      [Нет авторов в списке] [Нет авторов в списке] Энн Клин Lab Sci. 2022 май; 52(3):511-525. Энн Клин Lab Sci. 2022. PMID: 35777803 Аннотация недоступна.

    • Секвенирование экологических метагеномов с помощью нанопор MinION™: синтетический подход.

      Браун Б.Л., Уотсон М., Майнот С.С., Ривера М.С., Франклин Р.Б. Браун Б.Л. и соавт. Гигасайнс. 2017 1 марта; 6 (3): 1-10. doi: 10.1093/gigascience/gix007. Гигасайнс. 2017. PMID: 28327976 Бесплатная статья ЧВК.

    • Геномная адаптация, обеспечивающая распространение Acidithiobacillus в широком диапазоне температур и pH горячих источников.

      Шриапорн С., Кэмпбелл К.А., Ван Кранендонк М. Дж., Хэндли К.М. Шриапорн С. и соавт. Микробиом. 2021 11 июня; 9 (1): 135. doi: 10.1186/s40168-021-01090-1. Микробиом. 2021. PMID: 34116726 Бесплатная статья ЧВК.

    • Сокращенное секвенирование метагенома для таксономических профилей разрешения штаммов.

      Снайпен Л., Энджелл И.Л., Рогнес Т., Руди К. Снайпен Л. и др. Микробиом. 2021 мар 29;9(1):79. doi: 10.1186/s40168-021-01019-8. Микробиом. 2021. PMID: 33781324 Бесплатная статья ЧВК.

    • Количественная оценка метагеномики дробовика и секвенирования ампликона 16S рДНК в исследовании микробиома кишечника человека.

      Лаудадио И., Фульчи В., Палоне Ф., Стронати Л., Куккьяра С., Кариссими К. Лаудадио I и др. ОМИКС. 2018 апр; 22 (4): 248-254. doi: 10.1089/omi.2018.0013. ОМИКС. 2018. PMID: 29652573

    Посмотреть все похожие статьи

    Цитируется

    • Геномика отдельных клеток раскрывает популяционные структуры in vitro эволюционных исследований Salmonella .

      Bawn M, Hernandez J, Trampari E, Thilliez G, Quince C, Webber MA, Kingsley RA, Hall N, Macaulay IC. Баун М. и др. Микроб Геном. 2022 сен;8(9)):mgen000871. doi: 10.1099/mgen.0.000871. Микроб Геном. 2022. PMID: 36125951 Бесплатная статья ЧВК.

    • Характеристика симбиотических и азотфиксирующих бактерий.

      Кавака Ф. Кавака Ф. АМБ Экспресс. 2022 30 июля;12(1):99. doi: 10.1186/s13568-022-01441-7. АМБ Экспресс. 2022. PMID: 35

    4 Бесплатная статья ЧВК. Обзор.

    Рекомендации

      1. Томпсон Л.Р., Сандерс Дж.Г., Макдональд Д., Амир А., Ладау Дж., Лоси К.Дж. и др. Общий каталог показывает многомасштабное микробное разнообразие Земли. Природа. 2017; 551:457. дои: 10.1038/природа24621. – DOI – ЧВК – пабмед
      1. Нельсон М. Б., Мартини А.С., Мартини Дж.Б.Х. Глобальная биогеография микробных признаков круговорота азота в почве. Proc Natl Acad Sci USA. 2016; 113:8033–40. doi: 10.1073/pnas.1601070113. – DOI – ЧВК – пабмед
      1. Tringe SG, von Mering C, Kobayashi A, Salamov AA, Chen K, Chang HW, et al. Сравнительная метагеномика микробных сообществ. Наука. 2005; 308: 554–7. doi: 10.1126/science.1107851. – DOI – пабмед
      1. Оттесен Э.

        Добавить комментарий

        Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *