Луховицкая школа 9 официальный сайт: Sorry, this page can’t be found.

Содержание

МБОУ “ЛУХОВИЦКАЯ СРЕДНЯЯ ОБЩЕОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ШКОЛА №9” – Луховицы

Реквизиты МБОУ “ЛУХОВИЦКАЯ СРЕДНЯЯ ОБЩЕОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ШКОЛА №9”

ОГРН? 1025007391970    от 16 декабря 2002 года
ИНН? 5072713190  
КПП? 507201001  
Код КЛАДР? 500000480000051  
Код ОПФ? 75403    (Муниципальные бюджетные учреждения)
Код ОКПО? 53967386  
Код ОКТМО? 46747000001  
Код СПЗ? 03483002632  
ИКУ? 35072713190507201001  

Смотрите также сведения о регистрации организации

Лицензии

Согласно данным ФНС, организацией МБОУ “ЛУХОВИЦКАЯ СРЕДНЯЯ ОБЩЕОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ШКОЛА №9” была получена 1 лицензия

Последняя лицензия

№ 75109 от 11 декабря 2015 года

Вид лицензируемой деятельности

Образовательная деятельность, осуществляемая образовательными организациями, организациями, осуществляющими обучение, а также индивидуальными предпринимателями, за исключением индивидуальных предпринимателей, осуществляющих образовательную деятельность непосредственно, лицензирование которой осуществляют органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации, осуществляющие переданные полномочия Российской Федерации в сфере образования

Организация, выдавшая лицензию

МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ МОСКОВСКОЙ ОБЛАСТИ

Подробная информация по всем лицензиям (1)

Проверки

Информация о проверках в отношении МБОУ “ЛУХОВИЦКАЯ СРЕДНЯЯ ОБЩЕОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ШКОЛА №9” на основании данных ФГИС “Единый Реестр Проверок” Генеральной Прокуратуры РФ

С нарушениями Без нарушений Нет данных о результатах
7 36. 84% 11 57.89% 1 5.26%

Последняя проверка

№ 502003145301 от 11 марта 2020 года

Плановая выездная проверка

Орган контроля (надзора), проводящий проверку

Главное управление МЧС России по Московской области

Цель проверки

Соблюдение требований пожарной безопасности на объекте защиты

Результат

Нарушений не выявлено

Информация о результатах проверки

1.

Указание на отсутствие выявленных нарушений обязательных требований или требований, установленных муниципальными правовыми актами (в случае если нарушений обязательных требований или требований, установленных муниципальными правовыми актами, не выявлено)

Нарушений не выявлено

Подробная информация по всем проверкам (19)

Организация МБОУ “ЛУХОВИЦКАЯ СРЕДНЯЯ ОБЩЕОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ШКОЛА №9”, г.

Луховицы, зарегистрирована 16 декабря 2002 года, ей были присвоены ОГРН 1025007391970, ИНН 5072713190 и КПП 507201001, регистратор — Межрайонная инспекция Федеральной налоговой службы №23 по Московской области. Полное наименование — МУНИЦИПАЛЬНОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБЩЕОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ “ЛУХОВИЦКАЯ СРЕДНЯЯ ОБЩЕОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ШКОЛА №9”. Юридический адрес организации — 140500, Московская область, г. Луховицы, ул. Гайдара, стр. 2. Основным видом деятельности является “Образование среднее общее”. Организация “МБОУ “ЛУХОВИЦКАЯ СРЕДНЯЯ ОБЩЕОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ШКОЛА №9” также зарегистрирована в таких категориях ОКВЭД (всего 3) как “Образование дополнительное детей и взрослых”, “Образование начальное общее”, “Образование основное общее”. Директор — Дорофеева Светлана Владимировна. Организационно-правовая форма (ОПФ) — муниципальные бюджетные учреждения. На сегодняшний день организация является действующей.

Смотрите также

СЛИПИКС
ОБЩЕСТВО С ОГРАНИЧЕННОЙ ОТВЕТСТВЕННОСТЬЮ “СЛИПИКС”
192019, г. Санкт-Петербург, Обводного Канала набережная, д. 24, литер А, пом. 14-Н офис 6
Торговля розничная мебелью в специализированных магазинах
МУП “СЯВА – ТЕПЛОСЕРВИС”
МУНИЦИПАЛЬНОЕ УНИТАРНОЕ ПРЕДПРИЯТИЕ “СЯВА – ТЕПЛОСЕРВИС”
606903, Нижегородская область, г. Шахунья, рп. Сява, ул. Железнодорожная, д. 25
Забор и очистка воды для питьевых и промышленных нужд
СЭВЭР
ОБЩЕСТВО С ОГРАНИЧЕННОЙ ОТВЕТСТВЕННОСТЬЮ “СЭВЭР”
362040, республика Северная Осетия – Алания, г. Владикавказ, пр-т Мира, д. 37
Деятельность гостиниц и прочих мест для временного проживания
ПЕРСПЕКТИВА
ОБЩЕСТВО С ОГРАНИЧЕННОЙ ОТВЕТСТВЕННОСТЬЮ “ПЕРСПЕКТИВА”
665784, Иркутская область, Братский район, п. Карахун, ул. Волкова, д. 8
Деятельность агентов по оптовой торговле строительными материалами
НПО КОМПЛАЕНС
ОБЩЕСТВО С ОГРАНИЧЕННОЙ ОТВЕТСТВЕННОСТЬЮ “НПО КОМПЛАЕНС”
111024, г. Москва, ул. Авиамоторная, д. 19, подв. комната 32
Деятельность в области права
ППФ МАРКЕТ
ОБЩЕСТВО С ОГРАНИЧЕННОЙ ОТВЕТСТВЕННОСТЬЮ “ППФ МАРКЕТ”
127247, г. Москва, Дмитровское шоссе, д. 107, корп. 2, кв. 516
Торговля оптовая неспециализированная
ПРОФКОММЕРЦ
ОБЩЕСТВО С ОГРАНИЧЕННОЙ ОТВЕТСТВЕННОСТЬЮ “ПРОФКОММЕРЦ”
199155, г. Санкт-Петербург, Морская набережная, д. 35, корп. 6 литер А, пом. 6Н офис 1
Производство пластмассовых изделий, используемых в строительстве

Полная база контрактов МУНИЦИПАЛЬНОГО БЮДЖЕТНОЕ ОБЩЕОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ “ЛУХОВИЦКАЯ СРЕДНЯЯ ОБЩЕОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ШКОЛА № “

Поставщик

Общество с ограниченной ответственностью “Водотеплоканализационное хозяйство”

Предмет

ВТКХ горячая вода на 2020 г

Дата заключения

30 декабря 2019 года

Дата окончания исполнения

31 декабря 2020 года

Сумма контракта

2 039 455,97 ₽

Поставщик

ООО “ВТКХ”

Предмет

Отопление

Дата заключения

17 декабря 2020 года

Дата окончания исполнения

31 декабря 2021 года

Сумма контракта

2 028 977,78 ₽

Поставщик

Общество с ограниченной ответственностью «ВЭЛКОМ»

Предмет

капитальный ремонтсетей электроосвещения и электроснабжения

Дата заключения

20 августа 2013 года

Дата окончания исполнения

Сумма контракта

1 994 928,11 ₽

Поставщик

ОБЩЕСТВО С ОГРАНИЧЕННОЙ ОТВЕТСТВЕННОСТЬЮ “ВОДОТЕПЛОКАНАЛИЗАЦИОННОЕ ХОЗЯЙСТВО”

Предмет

Энергия тепловая, отпущенная котельными

Дата заключения

27 декабря 2018 года

Дата окончания исполнения

31 декабря 2019 года

Сумма контракта

1 930 005,67 ₽

Поставщик

ООО “ВТКХ”

Предмет

Коммунальные услуги по отоплению

Дата заключения

1 января 2017 года

Дата окончания исполнения

31 декабря 2017 года

Сумма контракта

1 873 662,08 ₽

Поставщик

ООО «Электросервис»

Предмет

Работы должны быть выполнены в соответствии с Техническим заданием и сметной документацией, ГОСТ и СНиП.

Дата заключения

16 сентября 2014 года

Дата окончания исполнения

Сумма контракта

1 856 745,00 ₽

Поставщик

Общество с ограниченной ответственностью “Водотеплоканализационное хозяйство”

Предмет

По договору

Дата заключения

1 января 2015 года

Дата окончания исполнения

1 декабря 2015 года

Сумма контракта

1 588 009,28 ₽

Поставщик

Общество с ограниченной ответственностью “ЮСТ”

Предмет

Изложенно в документации

Дата заключения

14 октября 2013 года

Дата окончания исполнения

Сумма контракта

1 451 111,41 ₽

Поставщик

ВТКХ

Предмет

Электроэнергия, произведенная гидроэлектростанциями (ГЭС) общего назначения

Дата заключения

30 декабря 2013 года

Дата окончания исполнения

Сумма контракта

1 434 193,99 ₽

Поставщик

ООО “ВТКХ”

Предмет

Тепловая энергия, отпущенная котельными

Дата заключения

26 февраля 2016 года

Дата окончания исполнения

31 декабря 2016 года

Сумма контракта

1 377 186,80 ₽

Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение “Луховицкая средняя общеобразовательная школа №9”

Луховицкая средняя общеобразовательная школа №9 в городе Луховцы Московской области.  Школа ориентирована на сохранения здоровья учащихся и педагогов, созда­ние условий, направленных на укрепление здоровья, формирование у обучающихся здорового образа жизни через физическое, психическое, интеллектуальное развитие, утверждение в сознании общечеловеческих ценностей, духовно – мировоззренческих и нравственных позиций. Для достижения данных целей ежедневно рабочий день начинается с зарядки, организована работа школьного психолога, проводятся дни здоровья.

Школа  тесно сотрудничает с Центром досуга и развития детей и юношества, центральной детской библиотекой, спортивной школой, Федеральным государственным бюджетным образовательным учреждением высшего образования «Рязанский государственный медицинский университет имени академика И.П. Павлова», государственным бюджетным профессиональным образовательным учреждением Московской области «Луховицкий авиационный техниум», государственным образовательным учреждением высшего образования Московской области «Государственный социально-гуманитарный университет».

ЕГЭ от 160 до 219 баллов:

70 %

ЕГЭ от 220 баллов:

29%

ОГЭ 12 и более баллов:

76 %

Государственная аккредитация (Ш):
  • Аттестат государственного образца
  • Государственная аккредитация
  • Лицензия
Форма обучения:
  • Дистанционное
  • Очно-заочное
  • Очное
Образовательные ступени :
  • Основная школа
  • Начальная школа
  • Средняя школа
Профиль :
  • Общеобразовательный
Количество детей в классах:

25

Режим обучения :
  • Группа Продленного Дня
  • Полный день
Время начала занятий:

8:40

Общие мероприятия:
  • Конкурсы
  • Олимпиады
  • Праздники
  • Экскурсии
Летние программы:

Да

Образовательная программа и форма обучения:
  • Адаптированная программа обучающихся с расстройством аутистического спектра
  • Предметы по государственной программе общего образования (ФГОС)
Директор/Заведующий:

Дорофеева Светлана Владимировна

Специалисты:
  • Медсестра
  • Педагог естественных наук
  • Педиатр
  • Психолог
  • Социальный педагог
  • учитель ИЗО
  • учитель иностранного языка
  • учитель информатики
  • учитель истории, обществознания
  • учитель музыки
  • Учитель начальных классов
  • учитель ОБЖ
  • учитель окружающего мира
  • Учитель Основ православной веры
  • учитель права
  • учитель русского языка и литературы
  • учитель технологии
  • учитель физкультуры
  • учитель экономики
Кружки, секции, дополнительные занятия (Ш):
  • Баскетбол
  • Краеведение
  • Легкая атлетика
  • ОФП
  • Туризм
Безопасность:
  • Автоматическая система пожарной безопасности
  • Система контроля доступа
  • Собственная территория
  • Собственное здание
Оснащенность:
  • Библиотека
  • Изолятор/медицинские кабинеты
  • Компьютерный класс
  • Мастерские
  • Музыкальный/актовый зал
  • Спортивная площадка
  • Спортивный/тренажерный зал
  • Столовая
Питание:
  • Горячее питание
  • Завтрак, обед

Контакты

Официальный сайт: Полный Адрес:

Московская область, Луховицы город, Гайдара улица, 2

Режим работы:

пн-пт; сб, вс – выходной

Телефоны::

+7(496)63-6-13-15; +7(496)63-6-13-46

Эл. почта:

[email protected]

Отзывы

Сообщения не найдены

Написать отзыв

Обновлено: 02/11/2020, 10:21

Проверка № 501901252808 – МБОУ “ЛУХОВИЦКАЯ СРЕДНЯЯ ОБЩЕОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ШКОЛА №9”

Проверка № 501901252808 от 4 июня 2019 года

Плановая выездная проверка

Завершена

Есть нарушения

Дата проведения

4 июня 2019 года — 2 июля 2019 года

Проверка проводится в отношении

Орган контроля (надзора), проводящий проверку

Цель проверки

Федеральный Закон от 26.12.2008 № 294-ФЗ-соблюдение законодательства в сфере обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения, исполнение плана проведения плановых проверок Управления Роспотребнадзора по Московской области на 2019 год (размещен в сети «Интернет» на официальном сайте: http://www. 50. rospotrebnadzor.ru), предупреждение, выявление и пресечение нарушений требований законодательства Российской Федерации в области обеспечения санитарно эпидемиологического благополучия населения, соблюдение обязательных требований

Должностные лица, уполномоченные на проведение проверки

Ф. И. О. Должность
Ольман Ольга Николаевна Ведущий специалист-эксперт
Сологуб Кира Олеговна Врач по общей гигиене
Бровкина Людмила Михайловна Помощник врача по общей гигиене
Климова Елена Сергеевна Главный специалист-эксперт
Данилова Мария Сергеевна Помощник врача по общей гигиене
Козеева Светлана Валерьевна Помощник врача по общей гигиене
Исаева Марина Валентиновна Помощник врача паразитолога
Болдырева Татьяна Ивановна Помощник врача по общей гигиене

Адрес

Московская область, г. Луховицы, ул. Гайдара, д. 2 летнее оздоровительное учреждение с дневным пребыванием детей – 1 смена

Дата составления акта о проведении проверки

18 июня 2019 года

Информация о результатах проверки

Сведения об ознакомлении или отказе ознакомления с актом КНМ руководителя, иного должностного лица или уполномоченного представителя юридического лица, индивидуального предпринимателя, его уполномоченного представителя, присутствовавших при проведении КНМ, о наличии их подписей или об отказе от совершения подписи

С актом проверки ознакомлены Григорьева Галина Алексеевна нач. ЛОУ 18.06.2019, Дорофеева Светлана Владимировна – директор

Информация о выявленных нарушениях

Описание

В учреждение допущена продукция не предназначенная для питания детей

Судебные сведения о выявленных нарушениях

1. Сведения о привлечении к административной ответственности виновных лиц
Составлен протокол на зав.столовой по ст. 14.43.ч.1 КоАП РФ, Постановление № 268/6 от 08.07.2019 г. по делу об административном правонарушении

Согласно данным ФГИС “Единый реестр проверок” Генпрокуратуры РФ

Адрес

140500, Московская область, г. Луховицы, ул. Гайдара, д. 2

Нет данных о результатах проверки




Женская консультация | L Crb

Расположена по адресу: Московская область, г. Луховицы, ул. Мира д.39/5

Имеет звание ВОЗ/ЮНИСЕФ «Больница, доброжелательная к ребенку»

Женская консультация

График работы:

08.00-20.00  понедельник-пятница

09.00-14.00 Суббота

Воскресенье  выходной
Прием плановых больных в женской консультации осуществляется по территориальному принципу прикрепления населения.

Запись на прием:

через портал государственных услуг uslugi.mosreg.ru,

Единая справочная: 8(496)636-19-15

Телефон для записи на прием к врачу: 8-800-550-50-30

Телефон кризисного центра: 8(985)919-65-08

Официальный сайт: l-crb. ru

– личным обращением в регистратуру женской консультации с 07.30 до 20.00;

Структура женской консультации:

  1. управление: кабинет заведующего женской консультации, старшей акушерки

  2. регистратура

3. кабинеты:
    a) участковых акушеров-гинекологов;
    б) врачей-специалистов (терапевт, стоматолог и других специалистов)

4. малая операционная

5. процедурные кабинеты для: a) влагалищных манипуляций; б) внутривенных и подкожных вливаний

6. стерилизационная

7. диагностическая служба: кабинет УЗИ

в) лаборатория

8. кабинет для психологической профилактики и занятий «Школы матерей»

9. кабинеты контрацепции, планирования семьи, патологии шейки матки, маммологический

10. социально-правовой кабинет

11. Кабинет КТГ

12. Дневной стационар при женской консультации

В число помещений женской консультации входят вестибюль, гардероб для больных и персонала, детский уголок, автомат для напитков, туалеты для женщин и персонала, хозяйственные и служебные помещения.

«Диплом Акушерскому отделению ГБУЗ МО «Луховицкая центральная районная больница» «Больница, доброжелательная ребенку»

Наши специалисты:

Заведующая женской консультацией Врач акушер-гинеколог, высшей квалификационной категории

Победитель конкурса «Лучший донор Подмосковья 2017» в номинации «максимальное количество донаций крови» Специализация: ультразвуковая диагностика, лазеротерапия, медикаментозная регуляция менструального цикла, реанимация новорожденных Стаж работы: с 1995 г. — Прием по личным вопросам: Каждый понедельник с 14.00 до 15.00 в кабинете № 2

Врач-акушер -гинеколог женской консультации. Победитель конкурса «Лучший врач акушер-гинеколог Московской области 2015»

Специализация: ультразвуковая диагностика, кольпоскопия Стаж работы: с августа 1997 года

Врач-акушер -гинеколог женской консультации

Врач-акушер-гинеколог женской консультации

Специализация: лапароскопическая гинекология, реанимация новорожденных Стаж работы: с 1998г.

Врач-акушер-гинеколог женской консультации

Специализация: эндокринология в гинекологии Стаж работы: с августа 2010 года

Старшая акушерка женской консультации

медицинский психолог закончила Московскую академию образования

Стаж работы: 08.2014 года

Врач-акушер-гинеколог женской консультации

врач-акушер-гинеколог женской консультации.

Документы

 

Единый государственный экзамен

Номера телефонов по вопросам ЕГЭ и ГИА

МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ МОСКОВСКОЙ ОБЛАСТИ

9(498)602 – 10 – 96, 9(498) 602 – 10 – 97

Управление системой образования Луховицкого муниципального района

Телефон горячей линии в Управлении системой образования 8(496) 2 – 10 – 00

Муниципальный координатор Постнова Людмила Николаевна

Регистрация заявления на участие в ЕГЭ 2013 – 2014 учебном году ппроизводится до 1 марта 2014 года в МБОУ Луховицкая средняя общеобразовательная школа № 2 СУИОП.

Информационные плакаты единого государственного экзамена

Информационные плакаты единого государственного экзамена
Дополнительные материалы и оборудование при проведении ГИА-9

Работа по подготовке к ЕГЭ

1. Проведено ознакомление выпускников 9 классов и их родителей с Приказом Министерства образования и науки РФ № 1394 от 25.12.2013 “Об утверждении Порядка проведения государственной итоговой аттестации по образовательным программам основного общего образования” и с содержанием Порядка проведения ГИА по образовательным программам основного общего образования.

2. Проведено ознакомление выпускников 11 классов и их родителей с Приказом Министерства образования и науки РФ № 1400 от 26.12.2013 “Об утверждении Порядка проведения государственной итоговой аттестации по образовательным программам среднего общего образования” и с содержанием Порядка проведения государственной итоговой аттестации по образовательным программам среднего общего образования.

3. Проведено ознакомление выпускников 11 классов и их родителей с Письмом Минобрнауки РФ № ДЛ № 344/17 от 20.11.2013 “О действии результатов единого государственного экзамена”

4. Вывешено расписание экзаменов 9, 11 классов

САЙТЫ ДЛЯ ПОДГОТОВКИ К ЕДИНОМУ ГОСУДАРСТВЕННОМУ ЭКЗАМЕНУ

Сайт Федерального института педагогических измерений (ФИПИ)

Официальный информационный портал Единого государственного экзамена

Региональный центр обработки информации Московской области (РЦОИ)

Расположение ППЭ В Г. Луховицы:

МБОУ Луховицкая средняя общеобразовательная школа № 2 (140500, г. Луховицы, ул.Островского, д. 8)

МБОУ Гимназия №10 (140500, г. Луховицы, ул.Мира, д. 35)

Тренировочная работа по истории Статград (подготовила Назарова Е.А.)
Подготовка выпускников МОУ ЛСОШ № 2 к итоговой аттестации ( 9 и 11 класс)
Краткая инструкция для участников ЕГЭ
Правила заполнения бланков ответов
Бланки ответов А,В (9 класс)

ПОДГОТОВКА к ЕГЭ. Учащиеся 11 классов участвуют в диагностических работах по разным предметам по линии Статград.

ПОДГОТОВКА к ГИА. Учащиеся 9 классов участвуют в диагностических работах по математике и русскому языку по линии Статград.

Граждане РФ имеют право присутствовать на экзаменах с предварительной аккредитацией. Аккредитацию можно получить за три дня до экзамена в управлении образования Луховицкого муниципального района

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Петр, епископ Луховицкий, викарий митрополита Крутицкого и Коломенского (Дмитриев Иван Вячеславович) / Персоналии / Патриархия.

ru

Родился 2 мая 1979 г. в Рязани в семье врачей. Крещен в младенчестве во Всехсвятском соборе в Туле.

В 1996 г. окончил среднюю образовательную школу № 14 г. Рязани. В 1996 г. поступил в Псковское духовное училище, которое окончил в 1999 г. Во время обучения нес послушание пономаря в Троицком кафедральном соборе г. Пскова.

В 1999 г. зачислен на 2-й курс Московской духовной семинарии. В период учебы исполнял послушания ризничего Покровского храма МДА и помощника делопроизводителя Учебного комитета при МДАиС. В 2005 г. закончил семинарию и поступил в Московскую духовную академию, которую закончил в 2008 г.

28 декабря 2000 г. принят на должность иподиакона, 12 января 2001 г. — на должность младшего референта Московского областного епархиального управления. 6 апреля 2003 г. митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием поставлен во чтеца.

23 декабря 2003 г. в Успенском храме Новодевичьего монастыря г. Москвы митрополитом Крутицким Ювеналием пострижен в монашество с именем Петр в честь апостола Петра.

26 декабря 2003 г. в Успенском храме Новодевичьего монастыря г. Москвы митрополитом Крутицким Ювеналием совершены хиротесия во иподиакона и хиротония во диакона с назначением в клир Новодевичьего монастыря.

19 июня 2005 г. в храме Всемилостивого Спаса Вознесенской Давидовой пустыни пос. Новый Быт Чеховского р-на Московской обл. митрополитом Крутицким Ювеналием рукоположен во иеромонаха.

С 19 июня 2005 г. по 5 мая 2008 г. и с 20 сентября 2012 г. по 9 апреля 2013 г. ― настоятель Преображенского крестового храма митрополичьей резиденции в Новодевичьем монастыре г. Москвы.

С 27 мая 2005 г. по 9 апреля 2013 г. ― заведующий канцелярией Московского областного епархиального управления.

С 11 сентября 2007 г. по 9 апреля 2013 г. ― настоятель храма Святой Троицы пос. Назарьево Одинцовского р-на Московской обл. С 18 февраля 2008 г. по 9 апреля 2013 г. ― настоятель храма вмч. Георгия Победоносца пос. Горки-10 Одинцовского р-на Московской обл.

В 2008-10 гг. преподавал литургику в Коломенской духовной семинарии.

9 апреля 2013 г. назначен временно исполняющим обязанности игумена Богородице-Рождественского Бобренева мужского монастыря г. Коломны Московской обл. Определением Священного Синода от 29 мая 2013 г. (журнал № 68) назначен на должность настоятеля (игумена) Бобренева монастыря. 7 июня 2013 г. в Феодоровском храме Бобренева монастыря митрополитом Крутицким Ювеналием возведен в сан игумена с вручением игуменского посоха.

22 декабря 2015 г. митрополитом Крутицким Ювеналием назначен членом Епархиального совета Московской областной епархии, 24 марта 2016 г. ― благочинным церквей Коломенского округа.

Решением Священного Синода от 21 октября 2016 г. (журнал № 84) избран епископом Луховицким, викарием Московской епархии.

23 октября 2016 г. за Литургией в храме иконы Божией Матери «Нечаянная Радость» поселка санатория «Подмосковье» г. Домодедово Московской обл. митрополитом Крутицким Ювеналием возведен в сан архимандрита.

Наречен во епископа 25 октября 2016 г. в Тронном зале Храма Христа Спасителя в Москве. Хиротонисан 26 октября за Литургией в Новодевичьем монастыре г. Москвы. Богослужения возглавил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.

Решением Священного Синода от 13 апреля 2021 г. (журнал № 4) определено быть викарием митрополита Крутицкого и Коломенского.

Общественная школа озера Нокомис


Церемония присвоения 8-го класса

Поздравляю!

Присоединяйтесь к нам виртуально в среду, 9 июня 2021 г., в 15:00

Ссылка будет размещена на веб-сайте LNCS, а также в классе Google Advisory для вашего ребенка в 14:00

.

в день церемонии.

Церемония выходит за рамки обычного расписания студентов по средам.Мы по-прежнему требуем, чтобы студенты входили в систему и присутствовали, чтобы отпраздновать свои успехи!

ВСЕ СЕМЬИ ПРИГЛАШАЕМСЯ К ВИРТУАЛЬНОМУ ВОЙТИ В 14:55

Программа начнется ровно в 15:00

Мы поощряем включение фотоаппаратов и отключение / отключение микрофонов во время церемонии.

Если вы не сможете присутствовать, программа будет записана и размещена на сайте LNCS.

Учебный год для учеников 8-х классов завершается после церемонии.

Студенты по-прежнему могут посещать четверг и пятницу, где они будут следовать своему обычному графику. Если вы решите оставить своего ученика дома, позвоните в главный офис и сообщите об его отсутствии. Спасибо за ваше сотрудничество!

Если у вас возникнут вопросы, позвоните в главный офис Кивайдина: 612-668-4670

.

Церемония присвоения 8-го класса

Поздравляю!

Присоединяйтесь к нам виртуально в среду, 9 июня 2021 г., в 15:00

Ссылка будет размещена на веб-сайте LNCS, а также в классе Google Advisory для вашего ребенка в 14:00

.

в день церемонии.

Церемония выходит за рамки обычного расписания студентов по средам. Мы по-прежнему требуем, чтобы студенты входили в систему и присутствовали, чтобы отпраздновать свои успехи!

ВСЕ СЕМЬИ ПРИГЛАШАЕМСЯ К ВИРТУАЛЬНОМУ ВОЙТИ В 14:55

Программа начнется ровно в 15:00

Мы поощряем включение фотоаппаратов и отключение / отключение микрофонов во время церемонии.

Если вы не сможете присутствовать, программа будет записана и размещена на сайте LNCS.

Учебный год для учеников 8-х классов завершается после церемонии.

Студенты по-прежнему могут посещать четверг и пятницу, где они будут следовать своему обычному графику. Если вы решите оставить своего ученика дома, позвоните в главный офис и сообщите об его отсутствии. Спасибо за ваше сотрудничество!

Если у вас возникнут вопросы, позвоните в главный офис Кивайдина: 612-668-4670

.

Предлагаемое новое семейство полицистронных пикорноподобных РНК-вирусов

Цитата

Олендрайте, И., Луховицкая, Н., Портер, С., Валлес, С., & Ферт, А. (2017). Polycipiviridae: предлагаемое новое семейство полицистронных пикорноподобных РНК-вирусов. Журнал общей вирусологии, 98 (9), 2368-2378. https://doi.org/10.1099/jgv.0.000910

Абстрактные

Solenopsis invicta virus 2 представляет собой одноцепочечный пикорноподобный РНК-вирус с необычной структурой генома. Одночастный геном размером приблизительно 11 т.п.н. содержит четыре открытые рамки считывания в своей 5′-трети, три из которых кодируют белки, гомологичные пикорнавирусоподобным белкам капсида, сворачивающимся в желе.За ними следует межгенная область, а затем одна длинная открытая рамка считывания, которая покрывает 3 ‘две трети генома. Трансляция полипептида этой 3’-открытой рамки считывания содержит мотивы, характерные для пикорнавирусоподобных доменов геликазы, протеазы и РНК-зависимой РНК-полимеразы. Проверка общедоступных последовательностей сборки транскриптома выявила пять связанных, по-видимому, почти полных вирусных геномов, выделенных от видов муравьев, и один от двукрылых насекомых. Путем высокопроизводительного секвенирования и сборки in silico РНК, выделенной из Solenopsis invicta и четырех других видов муравьев, с последующим целевым секвенированием по Сэнгеру, мы получили почти полные геномы еще для четырех вирусов в группе.Еще четыре последовательности были получены в результате недавнего крупномасштабного исследования вируса беспозвоночных. Эти 15 последовательностей сильно расходятся (парные аминокислотные идентичности всего 17% в неструктурном полипротеине), но обладают одинаковой общей полицистронной структурой генома, отличной от всех других охарактеризованных пикорноподобных вирусов. Следовательно, мы предлагаем создать новое семейство вирусов Polycipiviridae для классификации этой клады полицистронных пикорноподобных вирусов, инфицирующих членистоногих. Мы также предлагаем разделить это семейство на три рода: Chipolycivirus (2 вида), Hupolycivirus (2 вида) и Sopolycivirus (11 видов), при этом представители последнего инфицируют муравьев по крайней мере в трех различных подсемействах.

Права

Attribution 4.0 International, Attribution 4.0 International, Attribution 4.0 International

Метатранскриптомика одиночного комара определяет переносчиков, появляющиеся патогены и резервуары за один анализ

Рецензент №1 (Доказательства, воспроизводимость и ясность (обязательно)):

Это очень интересное и хорошо продуманное исследование mNGS комаров. Авторы демонстрируют, что они могут извлечь ценную информацию о видах переносчиков, источнике пищи с кровью и микробиоме / вироме, используя простой экспериментальный подход и используя одиночных комаров.Изюминкой работы является то, что документ очень всеобъемлющий, с обширным набором данных и вдумчивым анализом. Это демонстрация того, как данные секвенирования относительно небольшого количества особей комаров могут быть использованы для проведения сложного вычислительного анализа, ведущего к значимым выводам. Авторы приводят веские аргументы в пользу мощности mNGS комаров, которые могут быть применимы к другим (беспозвоночным) видам. Особенно оригинальным является филогенетический анализ, основанный на расстоянии SNP без эталонных геномов и группировка контигов посредством совпадения в наборах данных.Мы чувствуем, что работа заслуживает публикации.

Рецензент № 1 (значение (обязательно)):

У нас есть ряд комментариев, которые авторы могут учесть при дальнейшем улучшении качества своей рукописи:

Какое влияние оказывает эта статья?

Я думаю, что эта статья, возможно, окажет достойное влияние на сферу арбовирусов комаров, потому что она адекватно показывает возможности, которые может дать секвенирование отдельных комаров (например, анализ совместной встречаемости).Это может сместить баланс на выполнение более индивидуальных секвенирований комаров вместо пулов. В документе также содержится очень подробный анализ этого очень обширного набора данных. Ниже приведены некоторые предложения по дополнительному анализу, который следует интерпретировать как дополнение к полученному интересному набору данных. Однако следует отметить, что использованные идеи и подходы не являются полностью новыми. Секвенирование отдельных комаров, анализ совместной встречаемости и метагеномное секвенирование проводились и раньше, но не в этой степени и не в этой области.Несколько новых возможностей:

1. Беспристрастный способ проверить, есть ли у вас правильный вид комаров и есть ли у вас возможность определять подвиды. Используя генетическую дистанцию ​​транскриптомов, они, вероятно, исправили пропущенную идентификацию в некоторых образцах, где в этих вызовах была сделана логическая ошибка. Тот факт, что подвиды частично совпадают с участками отлова, очень интересен и подтверждает актуальность рассмотрения генетической дистанции также внутри вида.

2. Анализ крови на основе данных последовательности.Здесь они могут добраться до видового уровня за 10 из 40 налитых кровью комаров. Идея интересна, так как вы сможете получить гораздо больше информации, если сможете определить происхождение кровяной муки по данным RNA-seq (как показано в этой статье). Однако я считаю, что в текущей статье (и это может намеренно) они не показывают должным образом, что RNA-seq является адекватной альтернативой секвенированию ДНК крови. Чтобы убедить меня, мне бы хотелось сравнить эти результаты с секвенированием ДНК и посмотреть, насколько они перекрываются.Однако я понимаю, что было принято решение не делать этого, но у меня есть небольшое примечание к приведенной сейчас информации.

Рецензент 1 правильно делает вывод, что целью данной рукописи не было продемонстрировать, что РНК mNGS является сопоставимой или превосходной альтернативой секвенированию ДНК. Скорее, наша цель состояла в том, чтобы провести предварительное расследование, чтобы определить, действительно ли информация об источниках еды из крови может быть обнаружена с помощью анализа mNGS на основе РНК, как мы заявили во втором предложении Крови и связанных с ней микробов: возможность идентификации хозяина кровяной еды непосредственно из mNGS.”

Было упомянуто, что 1 контиг с LCA позвоночных достаточно для вызова «происхождение кровяной муки». Однако мне остается задаться вопросом, насколько надежным является 1 чтение?

Мы не проводили анализ единичных чтений для анализа кровяной муки. В нашем исследовании мы использовали технологию секвенирования с коротким чтением, при которой одно чтение предоставляет только ограниченный объем информации о последовательности (146 пар оснований). Это представляет высокую вероятность значительной неоднозначности в таксономическом назначении. Сосредоточение внимания на контигах как на единице анализа, а не на считывании, обеспечило дополнительные длины входных последовательностей для этапов выравнивания blastn в наших анализах, которые мы используем для таксономического назначения.Наличие более длинных входных последовательностей на этом этапе увеличивает вероятность информативного и статистически значимого результата выравнивания blastn и соответствующего таксономического назначения.

В целом, для включения образца в анализ кровяной муки нам потребовался минимум 1 контиг с назначением Vertebrata LCA. Среди 60 образцов, собранных на основе визуально набитого кровью состояния, мы идентифицировали 45 образцов, из которых мы могли извлечь от 1 до 11 контигов с Vertebrata LCA.Хотя охват этих контигов по глубине считывания варьировался, большинство выборок содержали контиги, поддерживаемые более 500 считываний. Мы также обнаружили, что многие из контигов, поддерживающих вызовы кровяной муки, были в высокой степени гомологичными между разными образцами, что соответствует тому, что несколько комаров питались кровью одного и того же вида.

Неужели действительно нет контигов с LCA у позвоночных у комаров, не питающихся кровью?

После исключения любых образцов с LCA, соответствующих отряду приматов (из-за возможности контаминации ДНК человека), мы идентифицировали 1 дополнительный образец среди комаров, не питавшихся кровью, с четким сигналом для LCA Vertebrata .Это соответствовало образцу CMS002_025c, из которого мы восстановили контигов Rodentia , соответствующих вызову Mus musculus .

Кроме того, что, по нашему мнению, произошло с комарами, которых явно кормили кровью, но ничего не было обнаружено; какие-то предположения?

Это могло быть результатом ряда различных факторов. Мы добавили последний абзац в раздел Обсуждения «Источники пищи из крови и ксенонаблюдение», чтобы решить эти проблемы и поднять возможную стратегию улучшения восстановления хозяина, принимающего пищу из крови, с помощью mNGS на основе РНК:

«Обнаружение потенциального хозяина крови в 45/60 набитых кровью комарах с помощью анализа mNGS на основе РНК обнадеживает, особенно в свете дополнительных доказательств наличия сопутствующего микробного груза.Отсутствие успеха у всех налитых кровью комаров может отражать факторы, которые способствуют недостаточному количеству РНК хозяина пищи в крови в окончательных извлеченных образцах, такие как вариабельность фактического прироста крови между комарами, недостаточное количество РНК, циркулирующей в крови определенных типов животных-хозяев. или деградация / переваривание РНК кровяной муки в комаре до экстракции. Во-вторых, в присутствующей РНК может быть слишком мало информации, то есть, если она из высококонсервативной части универсального гена, может не быть LCA ниже «клеточных организмов» или «эукариот».Гибридный подход, при котором праймеры для обогащения консервативных, высокоэкспрессированных генов «штрих-кода», описанных выше, включаются на этапе обратной транскрипции (аналогично метагеномному секвенированию со стратегией обогащения праймеров (MSSPE), которая применялась для обогащения определенных видов вирусов (Deng et al., 2020)) может предоставить путь для повышения скорости восстановления и разрешения идентификации хозяев, принимающих пищу с кровью, в контексте анализа mNGS на основе РНК ».

3.Изучение совместной встречаемости, хотя и не новое, является хорошим дополнением к области определения вирома / микробиома комаров. Выявление новых сегментов и пропущенных сегментов вирусов очень удобно. Однако я задаюсь вопросом: случалось ли когда-нибудь, что совместное появление обнаруживает «связанный» фрагмент, который явно ошибочен? Были ли проведены пост-анализы, чтобы проверить, имеют ли результаты смысл? Кажется, особенно из-за того, что в статье подробно рассматриваются примеры, что вам нужно продолжить. Это не проблема, но хорошим дополнением к статье было бы (как это также описано ниже) упомянуть, какие сегменты были добавлены к вирусным геномам в результате совместной встречаемости, и были ли выполнены некоторые проверки для проверки этих совпадений.

4. Очень интересно иметь возможность сказать что-нибудь о различиях вирусов в пределах одного вида комаров. Бассейны не дают возможности что-то сказать о профилях и распространенности, а большой размер (148 комаров) позволяет найти интересные корреляции.

Какие части вы считаете проблемными?

1. Мы ставим под сомнение обоснованность «призывов к кровопролитию», как указано выше.

Рецензент 1 поднял несколько вопросов и комментариев, связанных с анализом кровяной муки, который мы рассмотрели в строке выше.

2. В этом исследовании они использовали процент считываний, не относящихся к хозяину, в качестве меры численности патогена (см., Например, рисунок 3). Я этого совсем не понимаю … Если у вас будет больше патогенов, то количество считываний, не связанных с хостом, должно возрасти, верно? Кажется, предполагается, что количество операций чтения, не связанных с хостом, одинаково во всех выборках? Это становится еще более проблематичным, когда упоминается тенденция, согласно которой более высокий% считываний без хоста для Wolbachia связан с более низким% считываний вирусов без хоста.Это кажется тривиальным, поскольку количество чтений, не относящихся к хозяину, увеличивается с увеличением заражения Wolbachia, и, следовательно, процент считываний вирусов, не относящихся к хозяину, уменьшается из-за большего знаменателя. Чтобы нормализовать данные и что-то сказать о изобилии, следует выбрать число, отличное от «чтения без хоста». Например. хозяин читает или добавляет РНК?

Мы благодарим рецензента 1 за эти подробные и конструктивные комментарии об отсутствии ясности в отношении показателей чтения, не связанных с хостом, которые мы использовали в рукописи.Мы ответим на их более общий вопрос о выборе этой метрики ниже, затем опишем изменения, которые мы внесли, чтобы еще больше прояснить это, и рассмотреть дополнительные вопросы, которые они подняли:

– В этом исследовании они использовали процент считываний, не относящихся к хозяину, в качестве меры численности патогена (см., Например, рисунок 3). Я вообще этого не понимаю…

Ключевым моментом анализа, представленного на рис. 3, было изучение и сравнение относительной доли вирусов, отдельных прокариотических и эукариотических микробов внутри и между отдельными комарами.

– Если у вас больше патогенов, то количество чтений, не связанных с хостом, должно возрасти, верно?

Да, это верно, это видно на Рисунке 2 – дополнении к рисунку 2.

Однако на рис. 3 наша основная цель состоит в том, чтобы исследовать состав пространства последовательностей, не являющихся хозяевами, среди отдельных комаров. Мы были особенно заинтересованы в выяснении степени, в которой относительная доля микробов, не являющихся хозяевами, варьировалась в зависимости от человека, вида и места сбора.Стремясь решить проблемы и вопросы рецензента 1 по этому разделу, мы изменили раздел результатов, связанный с рисунком 3, чтобы лучше сформулировать это. Мы также включили в этот раздел ссылки на рисунок 2 – дополнение к рисунку 2, на котором показаны 3 дополнительных вида распределения считываний, не относящихся к хозяевам, по комарам, которые, как мы надеемся, помогут обеспечить дальнейшее разъяснение контекста для читателя:

1. Общее количество несобранных считываний, не являющихся хозяевами, окрашено в зависимости от того, были ли они собраны в контиги или нет, и их соответствующих таксономических назначений высокого уровня [разные цвета]

2.Процент считываний, не относящихся к хозяину, собранных в контиги и отнесенных к таксономическим ячейкам высокого уровня, выраженный как доля от общего количества считываний, полученных от каждого комара

3. Доля считываний, не являющихся хозяевами, собранных в контиги и отнесенных к таксономическим ячейкам высокого уровня, выраженная как доля от общего числа считываний, не являющихся хозяевами, собранных в контиги.

– Кажется, предполагается, что количество операций чтения, не связанных с хостом, одинаково во всех выборках?

Нет, это не наше предположение.Мы представили эти данные как нормализованные к общему количеству считываний, не относящихся к хозяину, потому что мы (а) признаем, что количество восстановленных считываний, не относящихся к хозяину, варьируется у разных комаров, и (б) наше внимание было сосредоточено на изучении изменчивости в пропорции вирусов, бактерий. и последовательности эукариотических микробов, идентифицированные во фракции считывания отдельных комаров, не являющейся хозяином.

– Это становится еще более проблематичным, когда упоминается тенденция, согласно которой более высокий процент считываний без хоста для Wolbachia связан с более низким% считывания вирусов без хоста.Это кажется тривиальным, поскольку количество чтений, не относящихся к хозяину, увеличивается с увеличением заражения Wolbachia, и, следовательно, процент считываний вирусов, не относящихся к хозяину, уменьшается из-за большего знаменателя.

Мы благодарим рецензента 1 за указание на проблематичный характер наших утверждений, касающихся тенденций в частичных изменениях в Wolbachia и вирусе, где оба присутствуют. Мы признаем, что этот момент следует удалить из текста статьи «Изучение воздействия эндосимбионтов Wolbachia» в разделе «Результаты».Мы пересмотрели, чтобы выделить отчетливое наблюдение: обнаруживаемый сдвиг в распределении различных типов или количества вирусов, обнаруженных у двух видов комаров, на основе количества считываний Wolbachia на каждого комара. Мы также включили дополнительный рисунок 3 – приложение к рисунку 1, чтобы количественно оценить это более подробно, и соответственно изменили комментарии к наблюдениям Wolbachia в разделе «Обсуждение».

– Следует выбрать число, отличное от числа “чтения без хоста”, чтобы нормализовать данные и что-то сказать о изобилии.Например. хозяин читает или добавляет РНК?

Мы уважительно не согласны. Мы надеемся, что вместе взятые наши пояснения выше и вышеупомянутые изменения текста, связанного с рисунком 3, явный указатель ссылки на рис. 2 – дополнение к рис. 2 в тексте, связанном с рисунком 3, и добавление к рис. 3 – рисунок в приложении 1 обращается к этому моменту.

3. Изучение совместной встречаемости, хотя и не новое, является хорошим дополнением к области определения вирома / микробиома комаров.Выявление новых сегментов и пропущенных сегментов вирусов очень удобно. Однако я задаюсь вопросом: случалось ли когда-нибудь, что совместное появление обнаруживает «связанный» фрагмент, который явно ошибочен? Были ли проведены пост-анализы, чтобы проверить, имеют ли результаты смысл? Кажется, особенно из-за того, что в статье подробно рассматриваются примеры, что вам нужно продолжить. Это не проблема, но хорошим дополнением к статье было бы (как это также описано ниже) упомянуть, какие сегменты были добавлены к вирусным геномам в результате совместной встречаемости, и были ли выполнены некоторые проверки для проверки этих совпадений.

Мы благодарим рецензента 1 за этот полезный отзыв. Мы изменили раздел «Результаты», чтобы включить дополнительную «Проверка темных сегментов», чтобы ответить на вопросы, поднятые здесь. Кроме того, после обзора наших результатов BLAST мы обнаружили, что некоторые сегменты, идентифицированные как «темные», действительно имели совпадения BLAST ( тотивирус Aedes aegypti, и вирус Nuyav), и оставался единственный «темный» сегмент (кроме полностью поддерживаемого Orthomyxoviridae ). или Narnaviridae сегментов) была РНК 8 вируса Elemess ( Reoviridae ).Мы обновили все рисунки и файлы данных, чтобы отразить это. В параграфе «Проверка темных сегментов» мы также приводим скромные доводы в пользу того, почему мы считаем, что многочисленные контиги, встречающиеся одновременно с вирусом Элемесс, который мы назвали РНК 8, являются подлинными сегментами.

Какие у вас остались самые важные вопросы?

1. Мне любопытно ограниченное совпадение с Sadeghi et al., 2018, который секвенировал так много комаров Culex в Калифорнии. Я бы посоветовал сказать немного больше об этих несоответствиях и их возможных причинах в ходе обсуждения.

Этот вопрос рассматривается в разделе «Обсуждение» Распространение микробов в популяциях комаров следующим образом: «Напротив, 10 из 24 ранее описанных вирусов, которые мы обнаружили в этом исследовании, соответствуют вирусным агентам, описанным в недавнем массовом исследовании примерно 12 000 комаров, собранных в Калифорния в 2016 г. (Таблица 1, Sadeghi et al., 2017) или исследование mNGS 7 одиночных комаров, собранных в 2013 г. (Chandler et al., 2015). Остальные 15 ранее описанных вирусных геномов наблюдались за пределами штата Калифорния, в некоторых случаях на совершенно разных континентах.Хотя технические различия в дизайне исследования, типах исследованных популяций комаров, обработке образцов перед извлечением РНК и подходах к секвенированию, вероятно, играют важную роль в отдельном наборе вирусных геномов, о котором мы здесь сообщаем, также вероятно, что дополнительные более широкие факторы, связанные с меньшим В основе этих наблюдений лежат хорошо изученные аспекты вирома комаров, пойманных в дикой природе, и экология болезней – в основном, изменчивость распространенности и распространения вирусов комаров по местам, времени и видам-хозяевам комаров.”

2. Что, по мнению авторов, содержится в этих «темных прочтениях»? Является ли количество темноты одинаковым для разных образцов? Точно так же, уменьшаются / отсутствуют показания «тетрапод» у комаров с доступным эталонным геномом?

По первому вопросу: поскольку они соответствуют чтениям, собранным в контиги без заметного сходства последовательностей с какими-либо опубликованными последовательностями с помощью BLAST, очень трудно сказать, кроме «темного». Ясно, что подавляющее большинство контигов вряд ли будут кодировать (самая длинная ORF в более чем 50% контигов имеет длину <64 аминокислот, а в 95% самая длинная ORF составляет <102 аминокислот) и, как правило, плохо поддерживается ( более 50% контигов имеют <7 чтений для их поддержки и более 95% имеют <24 чтений).Хотя анализ этих темных контигов для получения значимых данных является отходом от основной цели нашего исследования, мы можем сказать, что беглый поиск с HHpred среди самых длинных ORF в темных контигах, покрытых наибольшим количеством чтений, как правило, указывает на то, что темные контиги кажутся смесь потенциально вирусных и эукариотических генов, хотя и с чрезвычайно низкими значениями E.

По второму вопросу: количество «темных» считываний варьируется в разных образцах; данные, связанные с этим, доступны в контигах.stats.all.tsv. Считывания в «темных контигах» как доля всех считываний в контигах варьируются от 0,001 до 0,957 по выборкам, со средним значением 0,292 и стандартным отклонением 0,260.

По третьему вопросу: Да, мы наблюдаем тенденцию к несколько более высокому выходу считываний Hexapoda , остающемуся в исходном выводе IDseq не-хозяина среди образцов, полученных от видов комаров без эталонного генома. Это наиболее ярко выражено для более дивергентных видов Culiseta .В среднем> 0,2 из общего числа считываний Hexapoda среди образцов Culiseta были идентифицированы как Hexapoda после этапов фильтрации хоста IDseq. Напротив, в образцах Aedes aegypti , Aedes albopictus и Culex quinquefasciatus в среднем <0,05 от общего количества считываний Hexapoda было идентифицировано после начальных этапов фильтрации хозяина IDseq.

3. В первой части результатов упоминается возможность охарактеризовать 77% уровня королевства из 13 миллионов чтений, не связанных с хостом (также см. Ниже комментарий к чтениям без хоста).Однако я озадачен описанием в тексте и дополнительным рисунком 3: какие 3 миллиона контигов не удалось охарактеризовать? Где они на дополнительном рисунке 3? Это особенно озадачивает, поскольку в основном тексте упоминается, что 11 миллионов считываний не-хозяина относятся к полным вирусным геномам, 0,9 миллиона – к таксонам эукариот и 0,7 миллиона – к таксонам прокариот?

Мы благодарим рецензента 1 за указание на сбивающую с толку опечатку в разделе результатов, где должно было быть: «… 77% из 21.8 миллионов операций чтения, не связанных с хостом, собраны в контиги с> 2 считываниями », и мы исправили это в новой версии. Это относится к 13M чтениям, собранным в контиги. Мы исправили эту ошибку и проверили все числа прочитанных, кратко изложенные в тексте раздела «Результаты» и в более подробных данных, представленных на Рисунке 2 – добавлении к рисунку 1, чтобы убедиться, что они согласованы по всей рукописи.

4. Кажется, 131 столбик, соответствующий отдельным комарам, на рисунке 3? Где остальные 17?

Остальные 17 образцов попали в 1 из 3 возможных категорий: (1) они не содержали вирусных контигов из показанных семейных категорий или контигов Wolbachia, поддерживаемых> 1% считываний без хозяина, (2) они не содержали Wolbachia, Trypanosomatidae, Контиги Apicomplexa или Nematoda, поддерживаемые <1% считываний, не относящихся к хозяину, или (3) они попали в обе указанные выше категории.

Каковы ваши советы (помимо ответов на вышеупомянутые вопросы)?

1. Я думаю, что определение «чтения без хоста» должно быть четко сформулировано и последовательно использоваться во всем документе. В конце параграфа «Комплексный и количественный анализ последовательностей, не являющихся хозяевами, обнаруженных у одиночных комаров» вводится концепция «… 13 миллионов нехозяевных чтений…». На первый взгляд на дополнительный рисунок 3 кажется, что “чтения без хоста” также можно определить как 16.7 выровненных считываний, оставшихся после удаления предполагаемых последовательностей хозяина. Хотя верно, что вывод 13 миллионов объясняется в тексте рисунка на дополнительном рисунке 3, читателю может быть легче (так как это стоило мне времени) объяснить это в основном тексте. Кроме того, в следующем отрывке приводится определение «считываний без хоста» (соответствует 13 миллионам считываний), соответствующих «классифицированным считываниям без хоста»: «Для каждого образца« классифицированные считывания без хоста »относятся к тем считывает сопоставление с контигами, которые проходят указанные выше этапы фильтрации, исключения Hexapoda и дезактивации.«Чтения без хоста» относятся к классифицированным чтениям без хоста плюс чтения, проходящие через фильтрацию хоста, которые не смогли собраться в контиги или собраны в контиг всего за два чтения ». Это вызвало некоторую путаницу.

Мы благодарим рецензента 1 за эти полезные комментарии. Мы пересмотрели раздел «Материалы и методы», чтобы упростить чтение по фильтрам и номенклатуре контигов / считываний, и согласовали термины для различных классов чтения, не связанных с хостом, по всей рукописи, чтобы минимизировать такого рода путаницу в исправленной версии.

2. Я считаю, что было бы ценным дополнением добавить таблицу для вирусов, которая включает: (1) как было определено, что существует полный геном, (2) процент перекрытия для тех сегментов, которые были идентифицированы с помощью blast и (3) Какие вирусы уже были известны.

1. По возможности, полное восстановление вирусного генома предполагалось путем идентификации канонического (для вирусного семейства или рода) гена и наличия / отсутствия сегмента в собранных контигах.Мы подробно изложили это в последнем абзаце Окончательной классификации в разделе «Материалы и методы». Поскольку по существу один и тот же метод применялся ко всем последовательностям вирусного генома-кандидата, мы не видим, что он заслуживает дополнительного столбца в таблице 1 или данных S4a / b.

2. Мы пересмотрели дополнительные данные, чтобы учесть эту информацию следующим образом: Данные

Файл

S4 был переименован в таблицу 1 – исходные данные 1 и новую таблицу 1 – исходные данные 2, то есть

включает запрошенную информацию для вирусных сегментов, идентифицированных путем выравнивания бластов.

3. Все строки со значением «ЛОЖЬ» в заголовке столбца «Роман?» в таблице 1 соответствуют вирусам, идентифицированным в ходе исследования, которые уже были известны.

3. Записать где-нибудь в Материалах и методах номера пойманных комаров.

Мы изменили раздел «Материалы и методы», чтобы включить количество комаров и ссылку на рисунок 1 – исходные данные 1 (метаданные демографических данных о комарах) в разделе «Материалы и методы», чтобы учесть это предложение.

4. Pg2 L1-3: «Метагеномное секвенирование… .. одиночный анализ». Возможно, рано для этого заявления. Предлагаю разместить это на два абзаца позже: «Здесь мы проанализировали…».

Мы согласны и изменили это предложение следующим образом:

Исходное предложение:

«Метагеномное секвенирование отдельных комаров предоставляет средства для всесторонней идентификации видов комаров, патогенов, которые они переносят, и животных-хозяев, которые определяют цикл передачи с помощью одного анализа.”

Исправленное предложение:

«Метагеномное секвенирование отдельных комаров предлагает потенциальный единый анализ для всесторонней идентификации видов комаров, патогенов, которые они переносят, и животных-хозяев, определяющих цикл передачи».

5. Рисунок S4 слишком пиксельный, чтобы его можно было прочесть. Возможно, из-за преобразования PDF, но, пожалуйста, проверьте перед отправкой.

Мы можем предоставить отдельные pdf-файлы для всех основных и дополнительных рисунков для подачи рукописи.Эти и все файлы дополнительных данных также были отдельно загружены в созданный нами репозиторий FigShare или в рукопись (https://doi.org/10.6084/m9.figshare.11832999.v3).

Рецензент № 2 (Доказательства, воспроизводимость и ясность (обязательно)):

Резюме:

В этом исследовании авторы использовали беспристрастную мета-транскриптомику для секвенирования 148 различных отловленных в дикой природе комаров (виды комаров Aedes, Culex и Culiseta), собранных в Калифорнии, с основной целью обнаружения последовательностей эукариотического, прокариотического и вирусного происхождения.Их результаты показывают, что большая часть их секвенированных данных собрана в контиги, соответствующие вирусным геномам. По их данным, 7,4 миллиона вирусных считываний, сгруппированных как + ssRNA вирусы, включая Solemoviridae, Luteoviridae, Tombusviridae, Narnaviridae, Flaviviridae, Virgaviridae и Filoviridae, тогда как 2,25 миллиона вирусных считываний идентифицированы как -ssRNA вирусы, Pibunayusmaviridae, Pibunayviridaeviridae, Pibunayviridaeviridae, Pibunayeviridae Rhabdoviridae и Ximnoviridae. Имея 0,94 миллиона считываний вирусов, вирусы дцРНК сформировали третью по численности категорию вирусов с вирусами в семействах Chrysoviridae, Totiviridae, Partitiviridae и Reoviridae.Среди прокариотических таксонов преобладающей группой были виды Wolbachia, за которыми следовали другие бактериальные таксоны с меньшей численностью, включая Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, группу Terrabacteria и спирохеты. Trypanosomatidae были наиболее доминирующими таксонами эукариот, за ними следовали данные из таксонов Bilateria и Ecdysozoa. В конечном счете, это исследование демонстрирует, что мета-транскриптомный анализ отдельных комаров имеет потенциал для выявления векторов, имеющих значение для здоровья человека, потенциальных возникающих патогенов, передаваемых ими и их резервуарами, за один анализ.

Основные комментарии:

1. Убедительны ли основные выводы? Выводы точные.

2. Следует ли авторам квалифицировать некоторые из своих утверждений как предварительные или умозрительные или удалить их полностью?

Нет. Результаты исследования, обсуждение и заключение приемлемы.

3. Будут ли необходимы дополнительные эксперименты для подтверждения заявлений статьи? Запрашивайте дополнительные эксперименты только там, где это необходимо для статьи как таковой, и не просите авторов открывать новые направления экспериментов.

Несмотря на то, что авторы описывают использование mNGS в качестве инструмента для проверки видов комаров и обеспечения беспристрастного взгляда на ассоциированные с переносчиками патогены, для них по-прежнему разумно использовать qPCR для проверки полученных данных RNASeq (например, проверка вирусные последовательности).

Учитывая, что кПЦР обычно нацелена на небольшие (~ 100 п.н.) последовательности, эквивалентные однократному считыванию в наших данных, и тот факт, что основная часть вирусных геномов в нашем исследовании была получена из более крупных, собранных контигов, поддерживаемых сотнями, а в некоторых случаях и тысячами чтений, мы не видим, что эти предложенные эксперименты заслуживают внимания.

4. Реалистичны ли предложенные эксперименты с точки зрения времени и ресурсов? Было бы полезно, если бы вы могли добавить примерные затраты и время на существенные эксперименты. Изложенная методология реалистична.

Ограниченное количество оставшейся РНК от каждого из выловленных в природе комаров представляет собой серьезное препятствие для проведения таких анализов. Более того, с 70 вирусными агентами предлагаемые анализы кПЦР повлекут за собой разработку и валидацию множества праймеров ПЦР и синтез батареи положительных контролей для каждого из обнаруженных вирусов.

5. Представлены ли данные и методы таким образом, чтобы их можно было воспроизвести?

Методология воспроизводима.

6. Адекватно ли воспроизведены эксперименты и адекватен ли статистический анализ?

Есть

Незначительные комментарии:

1. Конкретные экспериментальные проблемы, которые легко решить. Следует провести qPCR-валидацию полученных данных RNASeq.

См. Наш ответ на это предложение выше в основных комментариях, пункты 3 и 4.

2. Имеются ли ссылки на предыдущие исследования?

Следует добавить последние публикации о микробиоме / вироме комаров. (например, doi: 10.1128 / mSystems.00640-20.)

Мы благодарим рецензента 2 за предложение и обновили наши цитаты и библиографию, чтобы включить эту ссылку во введение к рукописи.

3. Являются ли текст и цифры ясными и точными?

Разрешение для рисунков 4, 6, SF рисунков 2, SF рисунков 4 и SF рисунков 5 оставляет желать лучшего.Автор должен их обновить.

Мы можем предоставить отдельные pdf-файлы для всех основных и дополнительных рисунков для подачи рукописи. Эти и все файлы дополнительных данных также были отдельно загружены в созданный нами репозиторий FigShare или в рукопись (https://doi.org/10.6084/m9.figshare.11832999.v3).

4. Есть ли у вас предложения, которые помогут авторам улучшить представление своих данных и выводов?

В разделе, посвященном методам, перед извлечением РНК комар был промыт, чтобы избежать загрязнения из окружающей среды?

Комаров, включенных в это исследование, перед экстракцией не мыли.

Мы изменили текст, чтобы признать возможность появления микробов из внешних источников в разделе «Результаты», последний абзац статьи «Разнообразные известные и новые таксоны РНК-вирусов доминируют в микробиоте комаров»:

«Мы не можем исключить, что известные и новые виды вирусов, которые соответствуют вирусным семействам, ранее считавшимся заражающими только растения и грибы (например, Chrysoviridae , Totiviridae , Luteoviridae и Solemoviridae , таблица 1) потенциально можно объяснить воздействием окружающей среды на поверхность комара.”

Мы также рассмотрели это ограничение нашего исследования более широко в разделе «Распространение микробов среди популяций комаров» в разделе «Обсуждение»:

«Интересно, что значительная часть (n = 46) из 70 вирусных геномов, которые мы идентифицировали в этом исследовании, соответствуют новым дивергентным вирусам. Потребуются дальнейшие исследования для понимания каждого из этих вирусов и того, соответствуют ли они исключительно микробному грузу (т. Е. Неинфекционным вирусным видам, путешествующим на внешней стороне комара или через кровь или нектар), по сравнению с вирусами, специфичными для насекомых, или потенциально передаваемые патогены человека или животных.”

2. Большая часть считываний, не относящихся к хозяину, соответствует вирусам (10,5 млн), однако лишь немногие из них относятся к прокариотам. Означает ли это, что комары переносят больше вирусов, чем прокариоты.

В совокупности, среди считываний, не относящихся к хозяину, которые можно было собрать в контиги и отнести к таксономически, преобладали вирусы. Эти результаты суммированы на Рисунке 2 и Рисунке 2 – дополнении к рисунку 3. На индивидуальном уровне, как показано на Рисунке 3 и Рисунке 3 – в приложении 1, есть примеры, где мы можем видеть прокариот Wolbachia, составляющий большинство не- Считывает хозяин, собранный в контиги (см. особенно комаров Culex pipiens).

3. Ни один из известных в Калифорнии вирусов, переносимых комарами (например, WNV, SLEV, WEEV,), не был обнаружен в таблице 1 для вируса, обнаруженного с полным геномом в этом исследовании. На уровне контигов обнаружил ли автор какой-либо вирус, переносимый комарами, который, как известно, встречается в Калифорнии. Поскольку mNGS очень чувствителен и это исследование включает большое количество образцов, следует обсудить, почему в их исследовании не был обнаружен известный переносимый комарами вирус.

Несмотря на чувствительность mNGS, ни частичные, ни полные последовательности генома из WNV, SLEV или WEEV не были восстановлены в этом исследовании.Мы собрали данные, относящиеся к количеству зарегистрированных пулов комаров WNV и SLEV на каждом участке, на основе California Arbobulletin и сравнили даты положительных пулов комаров с датами сбора образцов (см. Данные S21). Короче говоря, WNV и SLEV регистрировались с низкой частотой и только в двух местах сбора в течение периода исследования (Placer и Сан-Диего; диапазон 0-10 пулов комаров дали положительные результаты на WNV и 0-1 пулы положительные на SLEV). Семь проб из Placer были собраны 21.11.17 и 28.11.17 и совпали с отчетным периодом, охватывающим 18.11.17-12.01.17, в течение которого один пул комаров был признан положительным на SLEV.У нас нет решения о датах выявления этого положительного пула. Для Сан-Диего даты сбора образцов, включенных в исследование, не совпадали с какими-либо отчетными периодами, в течение которых пул комаров дал положительный результат на WNV или SLEV. Мы признаем, что рецензент 2 поднимает важный вопрос, который необходимо решить, и добавили текст ниже в разделе «Распространение микробов среди популяций комаров» в разделе «Обсуждение»:

«Отсутствие выявления этих арбовирусов, вероятно, отражает низкую скорость циркуляции в участвующих контрольных районах в течение периода сбора образцов для исследования.Действительно, оба вируса были обнаружены только спорадически и только в 2 из 5 участвующих сайтов (см. Файл дополнительных данных 21 для согласования данных из отчетов о пулах комаров, положительных на WNV и SLEV, и статистики сбора образцов) ».

Рецензент № 2 (значение (обязательно)):

1. Опишите характер и значение прогресса (например, концептуального, технического, клинического) для данной области.

В условиях реальной угрозы появления новых патогенов, вызывающих озабоченность в области глобального здравоохранения, эффективные и быстрые стратегии наблюдения за общественным здоровьем имеют решающее значение для мониторинга и, возможно, предотвращения таких возможных бедствий.В частности, комары широко разнообразны и, как известно, являются укрытием и передают различные патогенные агенты людям и животным. Таким образом, быстрая идентификация соответствующих видов переносчиков, патогенов и их резервуаров в одном анализе является многообещающим и удобным аспектом надзора в секторе общественного здравоохранения.

2. Поместите работу в контекст существующей литературы (при необходимости предоставьте ссылки). Ши и др. сообщила о первом исследовании вирусной метагеномики отдельного комара, в котором она и команда продемонстрировали возможность использования одного комара для вирусной метагеномики, методологии, которая может предоставить гораздо более точные профили вирома в популяциях комаров.В настоящем исследовании авторы пошли на шаг вперед, поставив перед собой цель объединить три объективные точки в единую мета-транскриптомику комаров, как это кратко описано в их аннотации и исчерпывающем обзоре методологии.

Ссылка: Shi, C., Beller, L., Deboutte, W. et al. Стабильные отдельные основные эукариотические виромы у разных видов комаров из Гваделупы с использованием единичной вирусной метагеномики комаров. Микробиом 7, 121 (2019). https://doi.org/10.1186/s40168-019-0734-2

3.Укажите, какая аудитория может быть заинтересована и на которую повлияют полученные результаты. Методология и результаты, описанные в этой рукописи, важны для развития сферы общественного здравоохранения, связанной с эпиднадзором за переносчиками. Идентификация соответствующих видов переносчиков, патогенов и их резервуаров с помощью одного анализа является многообещающим и удобным аспектом надзора.

4. Определите область своей компетенции с помощью нескольких ключевых слов, чтобы помочь авторам контекстуализировать вашу точку зрения. Укажите, есть ли в документе какие-либо части, для оценки которых у вас нет достаточного опыта.

Я доцент научно-исследовательского института. Моя лабораторная исследовательская работа сосредоточена на

Арбовирологические исследования, в частности, эпиднадзор за переносчиками известных и новых вирусов, ассоциированных с комарами и клещами, исследования транскриптомики комаров, исследования тропизма вирусов комаров и другие связанные исследования взаимодействия вирусов комаров.

Рецензент № 3 (Доказательства, воспроизводимость и ясность (обязательно)):

Резюме:

Авторы демонстрируют мощный метод, использующий mNGS отдельных комаров с использованием безреферентного анализа.Это позволяет исследователям комбинировать полученные наборы данных об идентификации комаров, источнике пищи с кровью, микробиоме, вирусном секвенировании и т. Д. Такие знания могут быть полезным инструментом для выявления и реагирования на передачу болезней, переносимых комарами, которые затрагивают популяции людей или животных, даже хотя эта технология в настоящее время, вероятно, слишком дорога для широкого использования (как признают авторы).

Основные комментарии:

Никаких серьезных изменений не требуется.

Авторы предоставляют подробную методологию, включая код, допускающий тиражирование другими группами.

Незначительные комментарии:

Обсуждение авторами использования этого метода для обнаружения патогенов должно быть квалифицировано в отношении обнаружения и возможной передачи. Обнаружение вируса в набухшем комаре не обязательно означает, что указанный комар может передавать вирус, но, возможно, просто заразился им в результате недавнего приема пищи с кровью. То же самое можно сказать и об обнаружении патогена растений после недавнего употребления сахарной муки.

Мы согласны с рецензентом 3 и изменили текст в разделе «Обсуждение» Кровяная мука и ксенонаблюдение, чтобы лучше выделить этот момент:

«Этот вид нового наблюдения вируса и хозяина, принимающего пищу из крови, обеспечивает отправную точку для понимания взаимодействия между вирусами и микробами, циркулирующими в популяциях животных и насекомых в данном месте.Однако потребуется направленный анализ в лаборатории и в полевых условиях, чтобы установить, действительно ли такие связи (а) представляют микробы, проживающие в предполагаемых популяциях животных-хозяев, и (б) эти микробы могут быть поглощены кровью, поддерживаются и передаются. комарами »

Судя по методам, комаров перед обработкой не мыли. Это может затруднить различение внутренней и внешней микробиоты, а также привести к перекрестному заражению поверхностной микробиотой между комарами, собранными в одной ловушке.

Рецензент №3 прав, комары, секвенированные в этом исследовании, не были промыты перед экстракцией РНК. Мы изменили текст, чтобы признать возможность появления микробов из внешних источников в разделе «Результаты», в последнем абзаце статьи «Разнообразные известные и новые таксоны РНК-вирусов доминируют в микробиоте комаров»:

«Мы не можем исключить, что известные и новые виды вирусов, которые соответствуют вирусным семействам, ранее считавшимся заражающими только растения и грибы (например, Chrysoviridae, Totiviridae, Luteoviridae и Solemoviridae, таблица 1), потенциально могут быть объяснены воздействием окружающей среды. удерживается на поверхности комара.”

Мы также рассмотрели это ограничение нашего исследования более широко в разделе «Распространение микробов среди популяций комаров» в разделе «Обсуждение»:

«Интересно, что значительная часть (n = 46) из 70 вирусных геномов, которые мы идентифицировали в этом исследовании, соответствуют новым дивергентным вирусам. Потребуются дальнейшие исследования для понимания каждого из этих вирусов и того, соответствуют ли они исключительно микробному грузу (т. Е. Неинфекционным вирусным видам, путешествующим на внешней стороне комара или через кровь или нектар), по сравнению с вирусами, специфичными для насекомых, или потенциально передаваемые патогены человека или животных.”

Рецензент № 3 (значение (обязательно)):

В настоящее время эта работа будет интересна другим исследовательским группам, изучающим совместное присутствие патогенов, другой микробиоты и кровяной муки для комаров, собранных в полевых условиях. Несмотря на большой потенциал применения для наблюдения за общественным здоровьем, текущая стоимость, вероятно, непомерно высока.

Я специализируюсь в вирусологии и векторной биологии с минимальным опытом работы в NGS.

https://doi.org/10.7554 / eLife.68353.sa2

Биология сосудов растений 2010 (прочие)

Дин, Бяо. Биология сосудов растений 2010 . США: Н. П., 2014. Интернет.

Дин, Бяо. Биология сосудов растений 2010 . Соединенные Штаты.

Дин, Бяо.Пн. «Биология сосудов растений 2010». Соединенные Штаты. https://www.osti.gov/servlets/purl/1149534.

@article {osti_1149534,
title = {Биология сосудов растений 2010},
author = {Ding, Biao},
abstractNote = {Этот грант поддержал Вторую международную конференцию по биологии сосудов растений (PVB 2010), состоявшуюся 24-28 июля 2010 г. в кампусе Университета штата Огайо, Колумбус, Огайо.Бяо Дин (Университет штата Огайо; OSU) и Дэвид Ханнапел (Университет штата Айова; ISU) были сопредседателями этой конференции. Бяо Дин был местным организатором. PVB определяется здесь в широком смысле и включает исследования биогенеза, структуры и функции транспортных систем в растениях в условиях нормального роста и развития растений, а также взаимодействия растений с патогенами. Транспортные системы широко охватывают ксилему, флоэму, плазмодесму и мембраны сосудистых клеток. Концепция PVB возникла в последние годы, чтобы подчеркнуть интегрирующий характер транспортных систем и подходов к их исследованию.},
doi = {},
url = {https://www.osti.gov/biblio/1149534}, журнал = {},
номер =,
объем =,
place = {United States},
год = {2014},
месяц = ​​{11}
}

.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *